2003 yılında, 3,3 milyon € bonservis bedeli karşılığında Marsilya'ya transfer olmuştur. Didier Drogba, Olympique de Marseilleformasıyla Ligde 35 maçta attığı 19 golle gol krallığında üçüncü olurken Şampiyonlar Ligigrup aşamasında beş, takımını finale taşıdığı UEFA Kupası'nda da tam altı gol kaydetti. 3. Tur'da 1-0, 0-0'lık skorlarla eledikleri Dnipro karşısındaki tek golün sahibi oydu, son 16'da Liverpool ağlarını her iki maçta da havalandırdı, Çeyrek Final'deki Inter Milaneşleşmesinde 180 dakikada tek gol vardı ve bu gol Didier Drogba'dan geldi. Newcastle United ile oynanan Yarı Final'de iki gol de Drogba'dan geliyordu. Fransa'da "UNFP Yılın Oyuncusu" seçilen Drogba'nın neredeyse her açıklamasında Milan'da Maldini neyse, Marsilya'da ben de o olmak istiyorum ifadeleri olsa da Drogba'ya birçok büyük kulüpten teklif gelmişti. 2003 yılında Rus milyarderRoman Abramovich tarafından satın alınan Chelsea, onun olağanüstü performansına kayıtsız kalamayan kulüplerden biriydi ve bu transfer için tam 44,5 milyon doları gözden çıkarmışlardı. Rio Ferdinand ve Juan Sebastian Veron'dan sonra en pahalı transfer oldu.
