Jeffrey był prześladowany przez innych więźniów. W sierpniu 1994 roku jeden z nich zaatakował go nożem w więziennej kaplicy. Jeffrey przeżył, ale 28 listopada otrzymał od Christophera Scarvera, który nazywał siebie Chrystusem cios metalowym prętem w więziennej siłowni. Dahmer zmarł w drodze do szpitala. Zgodnie z jego wolą, ciało (poza mózgiem) poddano kremacji, a prochy oddano matce i ojcu. Matka Dahmera miała nadzieję, że mózg zostanie przebadany pod kątem biologicznych anomalii. 12 grudnia 1995 roku Sędzia zarządził kremację mózgu Dahmera.
Ups! Ten obraz nie jest zgodny z naszymi wytycznymi. Aby kontynuować, spróbuj go usunąć lub użyć innego.
Mózg Jeffrey'a został przekazany do badań.
W 1996 roku władze Milwaukee zebrały około pół miliona dolarów, aby odkupić kolekcje narzędzi i zdjęć Jeffrey'a. Nie chciały, żeby ktoś stworzył muzeum mówiące o zbrodniach Dahmera. Wszystkie rzeczy spalono.
