Shadow Gerald'ın torunu Maria ile kısa bir süre sıkı arkadaş oldu.Fakat daha Sonraları insanlık için bir tehdit olarak görülmeye başladı ve ordu tarafından ele geçirilip etkisiz hale getirildi.50 yıl sonra Dr.Eggman tarafından dünyayı fethetme etme planlarını yardım etmesi için saklı tutulduğu Hapishane Adası'nda kurtarıldı.Başlarda Eggman ile çalışıyor gibi gözükse de Shadow'un G.U.N askerleri tarafından öldürülen Maria'nın intikamını almak için dünyayı yok etmekti;ama daha sonra Grald'ın hesap günü planlarına karşı dünyayı kurtarmaya razı geldi. Bu süreçte Shadow hafızasını kaybetti ve 50 yıl sonra dünyaya tekrar denen Black Doom'un vaatlerine inanarak Kaos Zümrütlerini ona teslim etmek üzere toplamaya başladı. Atıldığı bu maceranın sonunda hafizasini geri kazanarak gerçekleri açığa kavuşturdu ve Black Doom'un planlarını bozarak dünyayı bir kez daha kurtardı.Shadow,Maria'nın hatırı için insanları ve dünyaya korumayı kendini görev etmişti.
