Alex, önceki hayatında kim olduğunu bulmaya çalışır. Manhattan' da, Gentek' in yarattığı virüs yüzünden yavaş yavaş etraf cehenneme dönüşür. Enfeksiyonu farkeden Blackwatch ordusu, Manhattan' ın ulaşımını kapatır. Alex, kız kardeşi Dana Mercer ile iletişime geçer. Dana, Alex' in hedeflerinin izlerini sürer. Alex, Elizabeth Greene adında virüsü taşıyan bir kadınla karşılaşır. Dana, Alex' i Karen Parker adındaki bir kadına yönlendirir. Bu kadın Alex' in eski sevgilisidir. Virüsü durdurmak için Alex' e yardım eder.
Zaman geçtikçe Alex' de kim olduğunu bulmaya başlar. Blackwatch, Gentek projesini kapatmış ve bütün personelini yok etmiştir. Gentek çalışanı Dr. Alex Mercer, Blacklight (Kara ışık) adlı bir virüs örneğini ele geçirir. Fakat sonunda Alex, Blackwatch tarafından ele geçirilir. Virüs kaçar ve Alex' in cesedini ele geçirir. Bir süre sonra gözünü bir morgda açar... Alex' in enfeksiyon öncesi ve sonraki kişilikleri tamamen farklıdır. Önceki hali virüsü salmıştır. Sonraki hali ise bunu affedilemez bir olay olarak görür.
Alex bunları öğrendikten sonra Bloodtox adlı bir silah geliştirdiklerinide öğrenir. Bu silahı Karen, Alex' in kendi tedavisi için bulduğu örneklerden geliştirir. Ve Karen' da gerçek yüzünü gösterir. Ama Alex onun içinde gelecektir.* Alex, bu silahla Greene' i yer altından çıkarıp onunla savaşır. Onu yendikten sonra yaratıktan Greene' in insan formu düşer. Greene' le karşılaşan Alex onun özelliklerini ele geçirir. Greene' in anılarında bütün bunların General Randall' la başladığını öğrenen Alex, gözünü ona ve Blackwatch' a diker. Randall bir nükleer silahla Manhattan' ı yok etmek ister. Albay Taggard' ı ele geçirdikten sonra Cross ile birlikte General Randall' a doğru yola çıkarlar. Randall' a gemide karşılaşırlar. Alex, Randall' ı ele geçirir. Anılarını gören Alex, Randall' ın bu olayları yıllar önce hiç başlamadan durdurabileceğini öğrenir. Ama artık çok geçtir. Alex' in bir bağlantısı olan Cross önceden bir Supreme Hunter tarafından ele geçirilmiştir. Cross, Supreme Hunter' a dönüşür. Alex, Hunter' ı öldürdükten sonra Randall' ın fırlatmaya zamanladığı nükleer silahı Atlantik Okyanusu' na helikopterle bırakır. Okyanusta patlayan nükleer silah yeterince uzaklaşamayan Alex' in helikopterinide düşürür. Ama Alex ölmez. Geri kalan parçaları bir kargayı ele geçirdikten sonra Alex' in bedenini tekrar tümler.
