Alors que le mystère plane toujours sur la mort d'Alison DiLaurentis, Spencer sort de Radley et va faire une découverte qui va tout bouleverser. Mona va dévoiler le repaire et se "rendre" aux quatre amies. Elle va aussi essayer de se rapprocher d'Hanna et de regagner sa confiance. Les filles vont retrouver la voiture de Wilden, qui a été tué plus tôt dans la semaine, sortie du lac, toujours vaseuse. À l'intérieur, un film montre la mère d'Hanna percutant Wilden. Le coffre est cabossé, à son ouverture on y découvre un porc mort. La mère de Hanna est finalement suspectée du meurtre de Wilden. Pendant ce temps, Emily rencontre des difficultés sportives, familiales, et amoureuses, et Aria tente de se remettre de sa séparation en fréquentant son professeur de karaté, Jake.
Au milieu de la saison, les amies sont de plus en plus troublées, notamment en ce qui concerne l'hypothèse qu'Alison n'est pas morte. L'épisode 13 marque la révélation sur le décès d'Alison. À la fin de l'épisode 13, on aperçoit Alison toujours vivante. Elle ne veut pas se montrer au grand jour car elle a peur que quelqu'un la tue vraiment, c'est pour cela qu'elle ne fait pas confiance à n'importe qui. Les menteuses continuent donc leur enquête sur -A. Shana, elle, refait surface dans l'église (épisode 16), et dit à Emily qu'Alison cherche à la joindre, seulement elle. Emily en parle à Spencer qui jure qu'elle ne la suivra pas. Mais lors du rendez-vous entre Alison et Emily, Spencer fait du bruit cachée derrière les portiques, Alison s'enfuit alors en courant, prend un ascenseur, puis disparaît en quelques secondes. On ne la revoit qu'à la fin de l'épisode 16. Dans l'épisode 17, les tensions montent entre Emily et Spencer. En parallèle, les filles ne veulent pas dire à Aria ce qu'elles soupçonnent, c'est-à-dire qu'Ezra est -A (épisode 18 et 19). Dans l'épisode 24, les quatre filles retrouvent Alison dans son repère, qui raconte ce qui s'est passé le soir de sa disparition, notamment qui l'a enterrée vivante, qui a drogué les filles dans l'épisode 1 de la saison 1, etc. À la fin de l'épisode, on découvre qu'Ezra est sur le point de mourir, après avoir été blessé d'une balle dans le ventre par -A en tentant de sauver les filles.
