Scott
Scott débute la saison avec une vie presque normale, il essaie d'être un meilleur fils, un meilleur ami, un meilleur élève... Il s'instruit de plus en plus en lisant des livres , en utilisant le logiciel du type "un mot par jour". Puis tout va dégénérer vers l'affrontement avec la meute Alpha. Tyler Posey, l'interprète de Scott, a dévoilé que Scott serait un "Oméga", beaucoup moins fort que la meute Alpha (surtout Deucalion, le Leader). Il se rapprochera de Isaac pour l'aider dans sa condition de loup garou, et Stiles passera moins de temps avec lui et plus avec son père. Dans le Trailer, on voit Deucalion tuer Melissa McCall, lorsque Deucalion va entrer dans la tête de Scott pour lui faire peur. Sinon, on peut aussi apercevoir aussi qu'il devra choisir entre affronter les Alphas ou en devenir un (ce qui va se produire vu que l'on aperçoit avec les yeux rouge). Nous savons maintenant que Deucalion ne voulait pas Derek dans sa meute, mais bien Scott, car celui-ci va devenir un pur Alpha. Cela veut dire qu'il est devenu Alpha qu'avec la foi, sans avoir besoin de voler le pouvoir surnaturel de quelqu'un. Pour sauver sa mère et le père de Stiles, il va faire un terrible choix, il va suivre Deucalion. Scott va aider le père d'Allison et de Stiles et sa mère. Stiles lui dit à la fin de l'épisode 11 que son père, Rafael McCall, qui appartient au FBI, est en ville.Dans l'épisode 12,on peut apercevoir que Scott devient un alpha et réussit à passer à travers la paroi du cercle de sorbier qu'à formée Jennifer.Scott et Derek épargnent Deucalion parce qu'il était un visionnaire et que pour Derek il pourrait le redevenir,Chris reprend ses activités de chasseur et Deucalion égorge Jennifer.
Au début de cette saison, Scott est tourmenté par les conséquences de sa nouvelle transformation car il n'a plus d'ancre. Allison était son ancien ancre, c'est elle qui permettait en quelque sorte à Scott de resté humain lors des pleines lunes ou de se contrôler lorsque son pouls augmentait. Il voit régulièrement son ombre prendre une forme de loup-garou. Il partira à la recherche de Malia, une jeune fille disparue lors d'un accident de voiture.
A la fin de 3.23 Insatiable Allison est blessée mortellement par un onis. Scott court auprès d'elle. Elle lui dit que tout est parfait, qu'elle est dans les bras de son premier amour et qu'elle l'a toujours aimée. Allison finit par mourir dans les bras de Scott sous les yeux d'Isaac, de Kira, de Noshiko puis son père et découvre la scène. Il reste pétrifié et ne peut pas y croire.
Stiles
Dans 3.01, Stiles accompagne Scott qui va se faire tatouer, et il lui demande si il ne préférerait pas un dessin de Kanima ? Après, ils croisent Lydia et Allison en voiture et voient un cerf s'encastrer dans la voiture de Lydia. Le lendemain, ils vont en cours et Stiles voit que Lydia à un pansement à la cheville. Il apprend que c'est son chien qui l'a mordu et il lui dit que les animaux agissent bizarrement, peu après des corbeaux brisent la vitre et sèmera panique dans la classe deMelle Blake. Stiles rejoint Scott à la maison des Hale et va voir Derek brûler le bras de Scott pour faire apparaitre son tatouage. À la fin de l'épisode, Scott voit que la porte a été repeinte et la gratte pour découvrir le symbole de la meute Alpha.
Dans 3.02, Scott et Stiles vont à une soirée d'une amie d'enfance de Stiles du nom d'Heather. Elle embrasse Stiles et l'emmène vite à la cave à vin pour perdre sa virginité, il s'éclipse quelques instants pour trouver un préservatif. Mais quand il revient Heather n'est plus là, et il la croit retournée avec ses amies. Plus tard, son père viendra lui poser des questions car elle a officiellement disparue. Stiles va aussi aider Scott, Derek et Isaac lorsqu'ils essayeront de savoir qui était la fameuse Jeune femme qui a aidé Isaac à fuir les Alphas. Dans ces souvenirs, ils trouveront où sont enfermés Boyd et celle qu'il pense être Erica, mais qui est en réalité, Cora la petite sœur de Derek qu'il croyait morte dans l'incendie. Il retrouve des plans grâce à son père et découvrira avec Peter Hale que c'est un piège. Boyd et Cora sont sous l'emprise de plusieurs pleines lunes ce qui les rends très sauvages et agressifs, et ils s'attaquent à Scott et Derek avant d'être libérés par Allison.
