es el año 2552 la humanidad ha conquistado el viaje atravez del hiperespacio superando la velocidad de la luz y debido a la sobrepoblacion mundial han debido crear colonias en otros planetas para vivir pero también están en guerra con una alianza religiosa de especies alienígenas llamadas the covenant (el pacto en español) que desean arrasar con la tierra y sus colonias porque creen que la humanidad es una herejía a sus creencia .debido a la superioridad numérica y tecnología de el pacto los humanos se ven forzados a desarrollar en los laboratorios gubernamentales de la UNSC (el comando espacial de las naciones unidas) en el planeta reach un proyecto secreto llamado SPARTAN-ll en el cual una serie de hombres y mujeres especialmente elegidos son mejorados biológicamente para convertirlos en supersoldados capaces de terminar el conflicto.pero reach es atacado por el covenant del cual solo una nave de la UNSC escapa .the pillar of autumn liderado por el capitán jacob leyes sostiene entre sus brazos el único spartan 117 sobreviviente de la batalla el jefe maestro máster chief para evitar que el pacto los siga hacia la tierra el pillar of autumn hace una salto ciego al hiperspacio llegando a los bordes de la galaxia aunque con sus enemigos pisándoles los talones jefe maestro una vez despertado de su crioestasis por ordenes de leyes escapa del pilar llevándose a la I.A femenina de esta,cortan a para prevenir que el pacto la capture y aprenda de los puntos débiles de la UNSC y de la localización de la tierra.una vez insertada en la armadura cibernética del jefe maestro los dos escapan en una cápsula salvavidas de la nave que esta siendo atacada por hordas del covenant y aterrizan en un planetoide con forma de anillo llamado halo en la superficie de halo el jefe maestro localiza y rescata a las fuerzas desperdigadas de soldados marines que también habían escapado del atún y luego rescata al capitán leyes preso por el covenant en una de sus naves estacionada en halo la truth and reconciliation (verdad y reconciliacion)
una vez libre el capitán jacob keyes ordena a cortana a jefe maestro localizar la sala de control de halo antes que el pacto.ellos lo logran mediante el cartógrafo silencioso (silent cartographer),un mapa de todo el anillo pero cortana ,insertada en las redes de la sala de control,descubre que covenant accidentalmente ha liberdado a un virulencia la infecciosa raza alienígena en el anillo llamado los flood y lo manda a buscar a leyes y un escuadrón de marines en un oscuro pantano al que habían ido en busca de un supuesto deposito de armas del covenant justamente el lugar donde reaparecieron los flood
mediante la grabación del casco del soldado raso wallace jenkins jefe maestro descubre que los flood emboscaron a keyes y su escuadrón y que al parecer los infectaron convirtiéndolos en agresivos mutantes para engrosar sus filas.jefe maestro y un pequeño grupo de marines sobrevivientes luchan desesperadamente contra los flood en las afueras del pantano para escapar en un pelican pero acercándose a un extraña estructura el jefe maestro es telentrasportado por un monitor robotico llamdado 343 guilty spark que le explica que una antigua raza llamada los forerunner lo crearon a el y al anillo antes de desaparecer misteriosamente al disparar el anillo usando un índice para prevenir que los flood escaparan hace milenios y que ahora deben hacer lo mismo guiándolo a través de una biblioteca subterránea forerunner para recuperar el índice y por supuesto con cientos de formas flood en el camino. pero jefe maestro eventualmente encuentra el índice y vuelve con spark a la sala de control de halo cuando estaba a punto de activar halo cortan a le advierte que halo no destruiría solamente a los flood sino a cualquier vida inteligente que el flood pudiera absorber (humanos covenant etc) en un radio de 3 galaxias haciendo morir de inanición del parásito. esto vuelve a jefe maestro y a spark en enemigos y ahora tenia que enfrentarse a sus guardianes roboticos los centinelas a los flood y a los covenant.cortan a concluye que la única manera de evitar la activación de halo es destruir el anillo,llevándose consigo a los flood y a una vuena parte de la armada covenant y con una explosión nuclear seria suficiente la idea de ella es activar la secuencia de detonación de pillar of autumn que se había estrellado en halo pero necesitaba los implantes neuronales del almirante jacob leyes que una vez mas había sido llevado a la nave verdad y reconciliación ahora bajo ataque por los flood pero fue demasiado tarde para el y cuando fue encontrado por el jefe y cortana había sido mutado y transformado en una forma que actuaba como un cerebro flood luego se apropian de sus implantes y viajan en un banshee hacia el pillar of autumn donde esperaban que el plan saliera a pedir de boca pero debido a ciertas acciones del monitor se ven obligados a destruir los reactores de fusión de la nave iniciando una reaccion en cadena y se ven forzados a evacuar en un jep warthog en menos de 6 minutos recorriendo casi 3 kilómetros ocupados por fuerzas enemigas ellos escapan en un longsword fighter alejándose de la atmósfera de halo y contemplando su destrucción ellos al final lograron huir del planeta halo antes de que explotara, dando paso a halo 2.
