A história começa na cidade ideal "No.6" em 2013, onde um garoto chamado Shion é permitido viver em uma área luxuosa chamada "Cronos" por causa de sua inteligência acima da média. Mas em seu aniversário de 12 anos, Shion conhece um garoto chamado Nezumi (rato) que estava fugindo de um reformatório. Ao decidir ajudar esse garoto fugitivo, nosso protagonista perde todos os seus privilégios e agora precisa ir até o final para descobrir os segredos da cidade No.6.