La clinica psichiatrica di Würzburg le diagnosticò una forma di depressione acuta, accompagnata da frequenti attacchi di epilessia.
Nonostante le cure mediche ricevute per tutto il periodo delle scuole superiori, la ragazza non manifestò alcun miglioramento: durante le crisi più profonde la giovane era solita lamentare paralisi temporanee degli arti, rigidità e impossibilità a parlare. Nonostante i problemi di salute, Anneliese riuscì a portare a termine gli studi e ad ottenere il diploma. Grazie a un'eccellente condotta scolastica, nel settembre del 1973 completò l'iscrizione all'Ateneo di Würzburg, nella speranza di conseguire l'abilitazione per diventare insegnante di scuola elementare.
