L'horrible créature The End n'est plus, Sonic est rentré chez lui à Green Hill en compagnie de ses amis, et le Dr Eggman est parvenu à reprogrammer Sage à partir de quelques fragments d'elle stockés dans l'unité de son ordinateur. Tout est redevenu normal, Sonic peut pleinement profiter de vacances méritées et le Dr Eggman peut à nouveau se reconcentrer dans ses plans de domination du monde. Et pourtant, alors qu'une toute nouvelle vague de paix s'installait paisiblement aussi bien dans le camp de Sonic que celui d'Eggman, une nouvelle menace se profile à l'horizon. Cette menace, Sage l'a immédiatement repérée après une nouvelle visite des Starfall Islands aux côtés de son père. - Qu'est-ce que Sage a bien pu voir pour être aussi terrifiée ? - En quoi consiste réellement cette menace et que souhaite-t-elle réellement ?