Dans un Japon où l'espoir règne, certains étudiants, étant les meilleurs dans leur domaine, obtiennent le titre d'« Ultime » et ont la chance d'être inscrits à l'Académie du Pic de l'Espoir, une école réunissant les Ultimes de tout le pays.
Astral, le protagoniste de cette histoire, fut nommé « Ultime Lecteur » et put entrer dans l'académie, accompagné d'un groupe d'autres élèves Ultimes.
Mais tout ne se passa pas comme prévu. À peine entré dans le bâtiment, Astral s'effondra, inconscient.
Il se réveilla à l'intérieur de l'académie... mais les choses avaient changé.
Lui et les autres membres de sa classe sont enfermés dans l'établissement. Monokuma, un être étrange ayant l'apparence d'un ours, leur explique les règles : s'ils veulent sortir d'ici... ils devront s'entretuer.