Şehzade Mustafa'nın öldürülmesinden sonra ortaya çıkan Düzmece Mustafa olayında Şehzade Bayezid'in, isyancı kuvvetleri durdurmada ağır davrandığı, hatta bu isyanı onun tertipledği iddiası ortaya atıldı. Kanuni'nin ona olan güveni sarsıldı, ancak yine de kendisini affedip Kütahya'ya gönderdi. Bayezid bunun üzerine babasına yazdığı mektupta "ben kulunuzu muradına irgürdünüz" diyerek teşekkür etmiş ve kendisini tahtın varisi olarak görmüştür.
