Anlaşma sağlanınca Kazvin'e giden Osmanlı elçileri 25 Eylül 1561 tarihinde önce Bayezid'i ardından da oğullarını boğarak öldürdüler. Bayezid ve oğullarının cenazeleri Sivas'a getirilerek surların dışında bulunan "Melik-i Acem türbesi"'ne defnedilmiştir. Bu türbe Abdülvehhâb Gâzî Camii içerisindedir.
Şehzade Bayezid'in ölümünden sonra Bursa'ya nakledilen karısı bir kale içinde bekletilmiş ve yanında bulunan üç yaşındaki oğlu da öldürülmüştür.
