Oğullarının taraftar toplamaya başlamaları üzerine Kanuni onları birbirlerinden uzaklaştırmış, 1558'de Selim'i Konya'ya, Bayezid'i ise Amasya'ya göndermiştir. Bayezid bunu kendisine bir hakaret saydı ve Kütahya'da kalmaya çalıştı. Ancak babasının ısrarları sonucu Amasya'ya gitmek zorunda kaldı; 21 Aralık 1558'de Amasya'ya vardı[3]. Kanuni onu çeşitli vaadlerle oyalamaya çalışırken, o bir mektubunda babası için "padişah olan yalan söyler mi" dedi ve taraftar toplamaya devam etti.
Kanuni, aynı şekilde Selim'in de asker toplamasını söylemiş ve Sokollu Mehmed Paşa'yı ona yardıma göndermiştir. Bu arada Bayezid'in sancağından çıkması isyan olarak değerlendirildi ve Şeyhulislam Ebusuud ve başka din adamları tarafından öldürülmesinin vacib olduğuna dair fetvalar verildi.
Bu esnada Amasya'dan Ankara'ya gelmiş olan Beyazid, 29 Mayıs 1559'da Konya önlerinde Selim'in ordusuyla çarpıştı, ancak 2 gün süren savaşta onun düzenli ordusu karşısında üstünlük sağlayamayıp yenildi. Bunun üzerine Amasya'ya dönmüş ve müftü Muhyiddin Cürcani'yi babasına, affedilmesini dilemesi için gönderdi.
