Şehzade Orhan (d.1543 Kütahya, - ö. Kazvin, 25.9.1561 öldürülmüş).
Şehzade Osman (d.1545 Kütahya, - ö. Kazvin, 25.9.1561 öldürülmüş).
Şehzade Abdullah (d.1548 Kütahya, - ö. Kazvin, 25.9.1561 öldürülmüş).
Şehzade Mahmud (d.1552 Kütahya, - ö. Kazvin, 25.9.1561 öldürülmüş).
Şehzade Murad (d.1559 Amasya, - ö. Bursa, 3.10.1561 öldürülmüş).
Mihrumah Sultan (d.1547 Kütahya - ö. Istanbul, 1593), 1562 ile Damad Muzaffer Paşa evlendi, 1568 Bağdat, Kıbrıs 1570 ve Luristan 1592-1593 valisi oldu
Hatice Sultan (d. ve ö. Kütahya, 1550).
Ayşe Sultan (d.1553 Kütahya, - ö. Tokat, 1572), 1568 ile Damad Hoca'Ali Paşa Eretnaoğlu evlendi ve bir oğlan doğum sırasında öldü.
Hanzade Sultan (d. ve ö. Kütahya, 1556).
ÖLÜMÜNDEN SONRA
Bayezid olayından sonra, yeniçerilerin Anadolu'ya muhafız olarak yayılması ve şehzadelerden yalnızca en büyüğüne sancak verilmesi gibi idari değişikliklere gidilmiştir.
Ona sadrazamlık vaadinde bulunan Selim'in tahta çıkmasını isteyen ve Bayezid'i babasına karşı isyana teşvik eden Lala Mustafa Paşa, ancak III. Murat zamanında, yaklaşık 3 ay sadrazamlık yapabildi.
