L'histoire débute tout comme celle de Tears of the Kingdom à la différence que Ganondorf n'attaque pas immédiatement Zelda à son réveil mais est plutôt surpris de sa présence. Il fait aussi la rencontre de Link, le chevalier à la lame purificatrice...
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Suite à l'assassinat de Rauru et à la capture de la Reine Sonia, Ganondorf s'était retiré vers l'autel qui donne accès à l'antre à miasmes.
Poursuivi par les Sages commandés par Mineru, le petit groupe tenta de s'opposer au Roi Démon.
Mineru : Nous sommes venus t'arrêter, Roi Démon !
Ganondorf : Les sages de la légende. Ainsi vous êtes venus me défier.
Alors que les Sages avaient pénétré la salle, une énergie sombre coupa toute retraite au groupe.
Mais au centre de l'autel, Ganondorf tenait la Reine Sonia, grandement affaiblie. Les tatouages qui parcouraient sa peau étaient corrompus par la malice.
Mineru : !! Majesté !!!
Sonia : ... Mineru... Ne reste pas là, sauve-toi...
Ganondorf : C'est trop tard! Vous ne pourrez plus jamais quitter cet endroit. Je savais que vous alliez venir ici, je l'ai vu.
Sage de l'eau : Il a utilisé le pouvoir de Sonia pour voir l'avenir.
Ganondorf : Pas seulement. Avec le pouvoir de vos pierres occultes, je vais créer un artefact suffisamment puissant pour changer l'histoire.
Alors que chacun se préparait à la bataille, Ganondorf leva son bras et claqua des doigts.
Une prison de malice se forma autour de la reine Sonia. Ganondorf dégaina son sabre et se mit en position de combat.
Ganondorf : Approchez. Essayez de ne pas mourir trop vite contre moi.
Mineru voulut se jeter au contact du Roi Démon mais elle fut stoppée dans son élan.
Sage du Vent : Non, Mineru! C'est un piège ! Si nous l'attaquons de front, nous y laisserons la vie!
Mais Mineru était folle de rage. La perte de son frère bien-aimé l'avait totalement dévastée.
Mineru : Ce monstre a tué mon frère! Je ne peux laisser cela impuni! Je vais réparer son erreur et ramener la lumière sur ce monde!
