Messi 2000-2003.yıllarda Barcelonanın Çocuk B ve Ümid B ve A klüplerinde oynadı.Ümid B klübünde 30 matçda 37 defa rakip kaleye yol bulmuştu.2003.yılda o,maliyye çetinliklerine göre mecburen klüpten uzaklaştırılmalı olup,ama onun genç teknik direktörleri klüp idareçileri onun saklanması için razı sala bilmişler(bu ihtisaslar devrinde Cesc Fabregas klüpten gönderilmiştir).2003-2004 mevsiminde Messi 5 farklı klübün heyətinde iştirak etmiştir.O,genç B klübünde 1 oyun (1 gol) geçirib ve genç A klübüne geçidi reallaşmıştır(21 gol 14 matç).Sonra 29 kasım 2003.yılda 3.divizyonda meydana çıkan Bojan Kırkiç sahiptir.1 mayıs 2005.yılda Messi 17 yaş,10 ay ve 7 günlüğüne "Albasate Balompie" klübüne karşı matçta ilk golünü vurdu ve La ligada Barcelonanın heyətinde gol vuran en genç oyuncu adına yiyelendi,Messinin bu rekordu 2007.yılda onun asistinden sonra gol vuran Bojan Kırkiç tarafından kırıldı.Messi onun sabiq teknik direktörü Rajkaard hakkında böyle söylenildi:"Onun benim kariyerimi başlatmağını,toplam 16-17 yaşım olarken bana etimad göstermeği faktını hiç 1 zaman unutmayacağım".Mevsim arzında hemçinin Messi 2.divizyonda Barcelona B klübünün heyətinde çıkış etdi ve 17 matçta 6 defa gol vurdu.
2005-2006 mevsimi
Ben Arjantin futbolunda
benim yerimi tuta bilecek yeni Maradonanı gördüm,onun adı MESSİdir.Diego Maradonanın 18 yaşlı Messiye dediği sözler.Şubat 2006.
Messi 26 eylül 2005.yılda İspanya vatandaşlığını aldı ve nihayet İspanyanın 1.divizyonunda debüt etmeyi reallaştırdı.Messinin Şampionlar Ligindeki ilk oyunu 27 eylül italyan klübü Udineseye karşı oldu.Messi evezlenerken topla soğukkanlı oyununa ve Ronaldinho ile uğurlu ötürmelerinin kazandırdığı kalebeye göre Nou Campta taraftarlar tarafından alkışlandı.
Messi 17 liga matçında 6 defa gol vurdu ve UEFA Şampionlar Liginde 6 matça 1 gol vurdu.
7 mart 2006.yılda Çelsiye karşı Şampionlar Liginin 1/8 çeyrek final engelinde rövanş matçında ezelesi dartıldığına göre mevsimi erken başa vurdu.Frank Rajkaardın idare etdiyi Barcelona mevsimi İspanya ve Avrupa şampionu olarak başa vurdu.
2006-2007 mevsimi
2006-2007 mevsiminde Messi esas heyət oyuncusuna çevrildi ve 26 matçda 14 gol vurdu.17 ekim Real Zaragosa ile karşılaşmada ayak darak kemiğinin kırılması ile elakadar 3 ay yeşil sahalardan uzak kaldı.Messi Arjantinde müalice aldıkdan sonra 11 şubat Racing Santander klübü ile oyunun 2.devresinde meydana dahil oldu.10 martda El-Klassiko matçında Barcelonanın 3:0 hesabıyla geride olduğu ve 1 nefer azlıkta kaldığı karşılaşmada hat-trick etti.Sonuncu golü extra timeda vurdu ve bu gollerle klübü mağlubiyyetden xilas etdi.Böylelikle Messi 1994-1995 mevsiminde Real Madridin heyətinde El-classicolarda ilk hat-trick eden İvan Zamoranodan sonra 2.oyuncu oldu.Messi hemçinin mevsim arzında gol vuran en genç oyuncu oldu.Mevsimin sonlarına doğru daha çok gol vurmağa başladı:ligada vurduğu 14 golün 11-ni son 13 oyunda vurdu.Mütemadi olarak Maradona ile kıyaslanan Messi mevsim arzında onun vurduğu meşhur qollerin benzerini vurarak kıyaslanmanın hakikaten uyqun olduğunu sübuta yetirdi.18 nisanda İspanya Super Kupasının çeyrek final matçında Getafenin geçirdiği 2 golden 1-i Diego Armando Maradonanın 1986.yılın Dünya Kupasının finalinde İngilterenin vurduğu ve "Asrın golü" adını kazanmış çok benziyodu.Dünyanın en meşhur KİV-ləri Messi ve Maradonanı kıyaslıyordu ve İspanya metbuatı Messini "Messidona" gibi takdim ediyordular.Maradonanın 21 yıl önce Mexicoda etdiği gibi 62 metre ireliledi kalecide dahil olmakla 6 oyuncuyu geride koydu,okşar mövkeden şutladı ve golden sonra Maradonanın haraketine benzer olarak corner direğine taraf kaçtı.Oyundan sonra mətbuat konfransında klüp yoldaşı Deco "Hayatımda gördüğüm en güzel goldü" dedi.Espanyola karşı matçta yine Maradonanın Dünya Kupasının 1/4 çeyrek finalinde İngiltereye karşı matçta vurduğu ve "Tanrının eli" adı verilen gole benzeyen gol vurdu.Messi topa yükselerken eli ile topa tokunarak topu kalci Karloz Kameninin yanından kaleye gönderdi.Espanyol oyuncularının etirazlarına ve lent yazısının açık-aşkar handball golü olduğunu göstermesine rağmen bu gol sayıldı.Barcelonada olduğu zaman Frank Rajkaard onun istediğinin tam tersi olarak meydanın merkezine açılmak ve sol ayağa zerbe vurmak ve ya keçit etmesi için sağ cinahta oynatmağa karar verdi.