Ce vendredi soir, la voie est libre pour Peter Pan, le petit garçon qui refuse de grandir : M. et Mme Darling sont absents et la chienne Nana, qui tient lieu de nurse à leurs enfants Wendy, Jean et Michel, a été enchaînée dans le jardin.
Venu récupérer son ombre abandonnée lors d'une précédente visite, Peter se trouve face à Wendy. Avide des histoires qu'elle pourra lui raconter et du rôle de mère, fantasmé, qu'elle pourrait accomplir, il la persuade de le suivre jusqu'au Pays imaginaire (Neverland)
Wendy devra s'y défendre de la jalousie de la fée Clochette et veiller sur la petite famille des Garçons perdus, jadis tombés de leur landau, dont elle devient la mère. Emmenés par Peter Pan, Wendy et ses frères vivront d'extraordinaires aventures auxquelles seront mêlés les Peaux-Rouges et Lily La Tigresse mais surtout les Pirates et leur chef, le fameux Capitaine Crochet ( capitaine du Jolly Roger, traditionnellement joué dans les adaptations par le même acteur que M. Darling, le père des enfants), qui n'a jamais pardonné à Peter de lui avoir coupé la main avant de la jeter en pâture avec le réveil du capitaine au Crocodile qui le poursuit depuis sans trêve...
Crochet enlève au cours d'une embuscade Lily La Tigresse, afin de capturer Peter, dont il pense qu'il viendra la sauver. Peter Pan se rend à la Lagune aux Sirènes avec Wendy. Au cours d'une bataille, Lily La Tigresse est libérée et retourne chez les Indiens.
À cause de sa jalousie, Clochette révèle la cachette de Peter Pan, où Crochet le trouve endormi et décide de le tuer en empoisonnant la potion que Wendy avait donné à Peter. Entre-temps, les enfants perdus, Wendy et ses frères sont capturés. Quand Peter se réveille, Clochette est prise de remords et veut le prévenir que la potion qu'il est sur le point de boire est empoisonnée. Fâché contre elle, Peter Pan ne la croit pas et Clochette boit la potion elle-même. Pour la sauver de la mort, Peter fait appel à tous les enfants qui croient aux fées et Clochette revient à elle. Peter retourne au Jolly Roger et une bataille s'engage. Crochet est vaincu et, poussé par-dessus bord, disparaît dans la gueule du crocodile.
Peter devient capitaine du Jolly Roger et ramène Wendy, John et Michael et les Enfants perdus à Londres. Les parents Darling retrouvent leurs enfants et adoptent tous les Enfants perdus. Peter Pan rentre au Pays imaginaire en jurant à Wendy qu'il ne l'oubliera pas, et qu'il reviendra tous les ans pour la ramener au Pays imaginaire.
Mais on apprend dans un épilogue écrit quelques années après la pièce qu'il oublie sa promesse et ne revient que bien longtemps après quand il retrouve Wendy grandie et maman. Il emmène alors sa fille Jane, puis, une fois que celle-ci était devenue grande, sa propre fille Margaret. L'auteur mentionne que ce cycle continuera pour toujours.
