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Handlung

Vergangenheit von Freddy Fazbear's Pizza
Während des Spielverlaufs besteht die Möglichkeit, dank zufällig auftauchender Flugzettel mit Zeitungsausschnitten die fiktive Hintergrundgeschichte und dunkle Vergangenheit von Freddy Fazbear's Pizza zu rekonstruieren: Um 1980 war Freddy Fazbear's Pizza ein berühmtes Speise- und Partylokal mit hohen Besucherzahlen und noch höheren Umsätzen. Besonders Eltern mit ihren Kindern konnten hier Kindergeburtstage feiern und/oder Pizza essen gehen. Ihren Erfolg verdankte die Pizzeria ihren vier Animatronics, die sich nicht nur frei bewegen, sondern auch singen und musizieren konnten. Auf der Hauptbühne standen Freddy Fazbear, Bonnie the Bunny und Chica the Chicken. Am beliebtesten war Foxy, der Piratenfuchs, der eine eigene Showbühne besaß. Foxy konnte durch das gesamte Lokal laufen und Kinder ansprechen, um dann mit ihnen gemeinsam durch das Lokal zu streifen. Einige Zeit später jedoch verschwanden mindestens fünf Kinder. Es stellte sich heraus, dass einer der Angestellten sich als Animatronic verkleidet und die Kinder in sein Büro gelockt hatte, um sie dann dort zu ermorden. Bei seinem sechsten Entführungsversuch wurde der Mann geschnappt, die Leichen der Kinder wurden jedoch nicht gefunden.

Nach diesen Vorfällen ließ die Besucherzahl sehr bald nach. Im Laufe der Zeit häuften sich Beschwerden seitens der Eltern, die noch mit ihren Kindern das Lokal aufsuchten. Laut Polizeiakten hatten Eltern wie Kinder einen fürchterlichen Gestank wahrgenommen, der aus den Animatronics strömte. Außerdem war ihnen aufgefallen, dass Blut und Gewebe aus den Augen- und Mundhöhlen der Puppen quoll. Einige Eltern bezeichneten die Animatronics als „animierte Leichname". Schließlich schaltete sich das Gesundheitsamt ein, das den Betreiber von Freddy Fazbear's Pizza androhte, das Lokal zu schließen, sollten sich die Hygienezustände nicht bessern. Im Jahr 1987 ereignete sich ein erschreckender Vorfall, der zunächst nicht näher beschrieben wird (erst im 4. Spieleteil erfährt man Genaueres). Bei diesem Vorfall, der nur als "Biss von 1987" bekannt ist, soll das Opfer seinen frontalen Stirnlappen verloren haben. Nachdem auch die Verunreinigungen und der Gestank weiterhin nicht nachließen, blieben die Besucher dem Lokal schließlich fern. Schon bald darauf wurde der öffentliche Betrieb in der Pizzeria endgültig eingestellt.

Der Spieler übernimmt den Job zu der Zeit, als nur noch wenige Monate bis zum Abriss verbleiben.

Gegenwart
Der Spieler schlüpft in die Rolle des Nachtwächters Mike Schmidt. Über eine Zeitungsannonce erfährt dieser, dass die kurz vor der Schließung stehende, heruntergekommene Pizzeria Freddy Fazbear's Pizza einen Nachtwächter sucht. Mike nimmt an, da er sich mit den fünf Nachtschichten die versprochenen 120 Dollar dazuverdienen will. Bereits in der ersten Nacht erhält er einen Anruf, der allerdings aus einer auf Band gesprochenen Nachricht besteht. Sie stammt vermutlich von einem der Vorgänger von Mike (welcher bislang namenlos geblieben ist und im englischen Original nur als Phone Guy betitelt wird).

Der Anrufer verliest zunächst die offizielle, für neue Mitarbeiter bestimmte Begrüßung, dann warnt er Mike vor den Animatronics. Diese sollen sich nachts verselbstständigen, durch die Pizzeria stromern und hartnäckig das Büro des Nachtwächters aufsuchen. Er erklärt dies damit, dass die Servos der Animatronic-Figuren verklemmen würden, wenn diese zu lange deaktiviert seien. Deshalb sei in die Animatronics eine Art „Freigang-Modus" programmiert worden. Da Nachtwächter kein Animatronic-Kostüm tragen, sei es laut dem Anrufer denkbar, dass die echten Animatronics den Spieler für ein unkostümiertes Endoskelett halten könnten, weshalb sie unter Umständen versuchten, ihr Opfer gewaltsam in eines der leeren Ersatzkostüme zu zwängen. Dies führe nicht selten zum Tod des Opfers, weil die Maske innenseitig mit spitzen Ösen und Schrauben bespickt sei. Der Anrufer beschwichtigt widersprüchlicherweise noch, dass alles aber nur halb so wild sei, dann legt er auf.

In den darauffolgenden Nächten klingelt das Telefon jeweils erneut, jedes Mal ertönt eine Bandansage. Mit jedem Anruf klingt Phone Guy immer ängstlicher und beklagt sich über das zunehmend aggressiver werdende Verhalten der Animatronics. Außerdem drängt er mehr und mehr zur Vorsicht und ermahnt Mike, sich bloß nicht erwischen zu lassen. In der vierten Nacht schließlich wird Mike akustisch Zeuge, wie der Anrufer in seinem Büro überrascht und augenscheinlich von den Animatronics getötet wird. In der fünften Nacht klingelt das Telefon erneut, jedoch dringt aus dem Hörer unverständliches, stark verzerrtes und sehr tiefes Brabbeln, das nicht von einem Menschen stammt.