Itinatag ni Jose Rizal ang isang samahan na binubuo ng mga kaibigan niyang mapagmahal sa bayan at may kaya sa buhay, ang “La Liga Filipina”, noong 1892. Kadarating pa lamang niya sa Maynila galing sa Espanya noon. Ang “Liga” ay may layunin na isulong ang paghingi ng pagbabago sa lipunan sa pamamaraang naaayon sa batas at mapayapa.
Nang nasa Espanya si Jose Rizal ay siya rin ang nagpasimuno sa pagtatayo ng isang samahan na ang pangalan ay “La Solidaridad”. Pakay ng samahang iyon na ihayag ang mga pang-aabuso at pang-aapi na ginagawa ng mga Kastila sa Filipinas; na magkaroon ng kinatawan ang Filipinas sa Kortes, na bigyan ang mga Filipino ng laya sa pagpapahayag, mga karapatan na kapantay ng karapatan ng mga Kastilang naninirahan sa Filipinas.
Noong 1892 ay lumabas na sa Europa ang isinulat na nobela ni Jose Rizal, ang “Noli Me Tangere”. Ipinagbawal ito sa Filipinas nguni’t may mga sipi na nakalusot.
Mapapatunayan sa pamamagitan ng mga kilusin ni Jose Rizal, ang pagtatayo ng “La Solidaridad” at “La Liga Filipina”, na siya ay sang-ayon sa mapayapang pagbabago, ang pagpapatuloy ng pagiging parte ng Espanya ang Filipinas. Hindi siya mapanghimagsik, hindi siya nagsalita na sang-ayon siya sa pagtitiwalag ng Filipinas sa Espanya sa pamamaraang madugo, hindi siya ang nagtayo at namuno o naging kasapi man lamang ng “Katipunan”. Noon ay nagsisimula nang kumalat ang himagsikan sa pamumuno ni Andres Bonifacio.
Noon pa mang 1892 ay idinadawit na ng mga Kastila si Jose Rizal sa himagsikan, na siya ang utak nito.
Mabait at may paggalang kay Jose Rizal ang Gobernado-Heneral na si Ramon Blanco nguni’t kinailangang siya ay gumawa ng hakbang upang si Jose Rizal ay mabantayan na naaayon sa kuru-kuro ng mga kritiko na ang karamihan ay ang mga fraile na tinuligsa niya sa kanyang nobela. Sa halip na gumawa ng kaso at siya ay ikulong sa bilangguan iniutos ni Blanco na si Jose Rizal ay maging isang exile sa malayo at liblib na pook na Dapitan. Doon ay malayo siya sa nangyayaring pagkalat ng himagsikan sa Luzon.
Ginugol ni Jose Rizal ang kung ilang taong pagtigil sa Dapitan sa panggagamot at pagtulong sa pagpapabuti ng eskwela at ng pinanggagalingan ng tubig na pang-inom ng mga naninirahan doon. Tila siya manghuhula na ipinayo sa mga nangangasiwa sa eskwela na simulang ituro ang Ingles sa mga bata sapagka't Ingles ang lenguaje ng hinaharap.
Sa Dapitan nanalo sa loterya si Jose Rizal. Ang natamong premyo ay ginamit niya sa pagpapabuti ng eskswela.
Doon din niya nakilala at naging kasintahan ang estrangherang si Josephine Bracken.
Makalipas ang apat na taon ay pinagbigyan ni Blanco si Jose Rizal na matupad ang kanyang kahilingan na siya ay ipadala sa Cuba upang doon ay maglingkod bilang isang doktor. Agosto 1, 1896 ay tumulak ang bapor sakay si Jose Rizal papuntang Cuba. Tumigil ang bapor sa Espanya, bago tumungo sa Cuba, at sa Barcelona, noong Oktubre 6, 1896, ay inaresto si Jose Rizal at ibinalik sa Filipinas.
Ang Cuba noon ay nasa ilalim din ng Espanya at nag-alsa na ang mga tao doon laban sa pamahalaang-Kastila. Naging Gobernador-Heneral doon si Camilo Polavieja at dahil sa kanyang kalupitan ay nabansagan siyang ang “Manlalapa ng Cuba” (“Butcher of Cuba”). Maraming revolucionario sa Cuba ang kanyang ipinapatay. Inilipat sa Filipinas si Polavieja, kapalit ni Blanco bilang Gobernador-Heneral, at ang pangyayaring ito ang hudyat na bilang na ang mga araw ni Jose Rizal sa ibabaw ng lupa.
Noong Nobyembre 3,1896, dumaong ang bapor na “Colon” sa Maynila, sakay ang bilanggong Jose Rizal. Agad-agad ay ikinulong siya sa Fort Santiago. May mga nagsabing hindi naman itinali ang mga kamay ni Jose Rizal habang siya ay naglalayag sa “Colon”, pabalik sa Maynila; na siya ay nagkaroon ng pagkakataong makatakas o maitakas, nguni’t hindi niya naging balak ang ganoon. Habang siya ay naglalayag, ang mga kaibigan ay dumulog sa korte, upang si Jose Rizal ay palayain, nguni’t hindi sila nagtagumpay.
