Barcelona
Messi bermain untuk tim junior Barca, Infantil B dan Cadete B & A dari 2000 sampai 2003 (mencetak 37 gol dari 30 laga di Cadete A). Musim 2003-04, ia mencetak rekor [26] di lima tim berbeda: tampil satu laga di Juvenil B (satu gol), dan dipromosikan ke Juvenil A (14 laga, 21 gol). Kemudian ia tampil untuk FC Barcelona C di
Tercera División , pada 29 November 2003 dan untuk FC Barcelona B di
Segunda División B pada 6 Maret 2004. Ia bermain untuk tim-tim tersebut sepanjang musim (delapan laga, lima gol, dan lima laga, tanpa gol)[27][28][29] . Bahkan sebelum debut-debut tersebut, Messi telah tampil secara resmi untuk pertama kali untuk tim utama pada 16 November 2003 dalam usia 16 tahun dan 145 hari, di sebuah laga persahabatan melawan FC Porto. [30][31]
Kurang dari setahun setelah debutnya,
Frank Rijkaard memberi kesempatan debut pertama La Liga untuk Messi dalam laga melawan RCD Espanyol pada 16 Oktober 2004 (17 tahun 114 hari), menjadi pemain termuda ketiga yang bermain untuk Barca dan pemain klub termuda di La Liga, sebelum akhirnya rekor dipatahkan oleh Bojan Krkić pada September 2007. Saat ia mencetak gol senior pertamanya menghadapi Albacete Balompié pada 1 Mei 2005, Messi berusia 15 tahun, 10 bulan dan 7 hari, menjadi pencetak gol termuda dalam sejarah Barcelona [32] sebelum kembali dipatahkan oleh Krkic pada 2007, yang mencetak gol dari assist Messi. [33] Messi berkata mengenai mantan pelatihnya, Rijkaard: "Saya tak akan pernah melupakan fakta bahwa dia yang memulai karier saya, yang memberi saya kepercayaan diri saat usia saya baru 16 dan 17 tahun." [34] Selama musim itu, ia juga bermain untuk FC Barcelona B, mencetak 6 gol dari 17 laga.