Pada musim berikutnya, Messi sukses mengunci posisinya sebagai pemain reguler di tim utama, mencetak 14 kali dari 26 laga. [40] Pada 12 November, di laga melawan Real Zaragoza , tulang
metatarsal -nya patah, membuatnya menepi tiga bulan. [41][42] Pada 10 Maret, Messi bersinar di El Clásico , mencetak hat-trick untuk menyelamatkan Barcelona yang bermain dengan 10 pemain, imbang 3-3, menyamakan kedudukan dan penyeimbang ketiga di menit-menit terakhir. [43] Ia menjadi pemain pertama setelah Ivan Zamorano yang mencetak hat-rick di Clasico (Zamorano melakukannya untuk Real Madrid pada 1994-95 [44] ). Messi juga merupakan pemain termuda yang mencetak gol dalam laga panas tersebut. Saat musim berakhir, ia mencetak 11 gol dari 14 laga. [45]
Messi sesaat sebelum gol melawan Getafe CF
Messi juga membuktikan julukan sebagai "Maradona baru", dengan merepilkasi gol-gol terkenal Diego dalam satu musim tersbeut. [46] Pada 18 April 2007, di laga semifinal Copa del Rey melawan Getafe CF , ia mencetak gol yang sangat mirip dengan gol Maradona saat Argentina vs Inggris pada Piala Dunia FIFA 1986 , yang terkenal dengan "Gol Abad Ini". [47] Media dunia memperbandingakannya dengan Maradona, dan memanggilnya "Messidona". Ia berlari di jarak yang sama, 62 meter, mengalahkan jumlah pemain yang sama, (enam, termasuk kiper), menembak dari posisi yang sama, dan berlari merayakannya ke bendera pojok, sama dengan apa yang dilakukan Maradona 21 tahun lalu di Meksiko. Rekan setimnya, Deco, mengatakan: "Itu adalah gol terbaik yang pernah saya saksikan sepanjang hidup saya" [48]
Melawan RCD Espanyol, Messi juga mencetak gol yang sama seperti Gol tangan Tuhan . Ia menguasai bola dan tampaknya menyentuh dengan tangannya, membawa bola melewati kiper Idriss Carlos Kameni . Meskipun protes dari pemain Espanyol dan tayangan ulang memperlihatkannya jelas-jelas handball, namun gol tersebut disahkan. [49]
Di Barcelona, Frank Rijkaard memutuskan memindahkan Messi dari sisi kiri ke sayap kanan, atas permintaannya sendiri, membuatnya lebih leluasa memotong ke jantung pertahanan lawan, menembak atau mengumpan silang menggunakan kaki kirinya
