Messi lahir di Rosario , Provinsi Santa Fe, dari pasangan Jorge Horácio Messi, seorang pekerja pabrik besi dan Celia María Cuccittini, seorang pembersih paruh waktu.
Dari garis keturunan ayahnya, ia berasal dari Ancona , sebuah kota di Italia, dimana leluhurnya, Angelo Messi, hijrah ke Argentina pada 1883. Ia mempunyai dua orang kakak laki-laki, Rodrigo dan Matías, dan seorang saudara perempuan, María Sol. Di usia lima tahun, Messi mulai bermain sepak bola untuk Grandoli, klub sepak bola lokal yang dilatih ayahnya, Jorge. Pada 1995, Messi bergabung dengan Newell's Old Boys yang berbasis di kampung halamannya, Rosario. [21] Ia menjadi bagian dari pasukan lokal yang hanya kalah sekali dari empat tahun, dan dikenal sebagai "Mesin 87", dari tahun kelahiran mereka.
Pada usia 11 tahun, Messi didiagnosa menderita kekurangan hormon pertumbuhan . Tim elit River Plate berminat atas perkembangannya, tetapi mereka tak punya uang cukup untuk pengobatannya, yang mencapai $900 per bulan. Carles Rexach, direktur olahraga FC Barcelona , telah menemukan talente Messi karena ia mempunyai kerabat di Lleida , dan ayahnya mengatur uji coba bersama tim tersebut. Rexach, tanpa membawa kertas di tangan pada saat itu, mengajukan tawaran kontrak pada Messi di atas serbet makan dari kertas. Barcelona menawarkan untuk membiayai pengobatan Messi jika ia mau pindah ke Spanyol. Messi dan ayahnya lalu pindah ke Barcelona , dan ia masuk ke akademi muda
