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Anno:2012 Stagioni:1 Episodi:26 Genere:azione,fantascienza,mecha Trama: La storia di Aquarion Evol è ambientata dodicimila anni dopo la guerra fra umani ed Angeli delle Tenebre combattuta da Apollo e Silvia, dove l'umanità si deve trovare a combattere contro esseri provenienti dal pianeta Altair, i quali stanno rapendo le donne con poteri element in quanto le loro sono morte tutte a causa di un male misterioso.
A contrastare gli attacchi vi è la Neo-DEAVA, la quale dispone di due squadre di element (una maschile e una femminile) che pilotano due giganteschi mecha denominati Aquaria, ciò è stato reso necessario poiché durante i primi attacchi di Altair si era perso il controllo dell'Aquarion originale. Tuttavia, un giorno il giovane Amata Sora si ritrova all'interno di una Vector Machine che costituisce parte di un Aquaria e, per proteggere la sua nuova amica Mikono, spezza il sigillo dell'Aquarion effettuando una fusione con Vector pilotati da maschi e femmine. Questa fusione avviene tra Amata, Mikono, Cayenne (il fratello di Mikono, anche lui un element) e Zessica (una giovane element).
Il giovane Amata Sora si ritrova a dover combattere contro il Mislagniss, pilotato da Kagura. Riesce a sconfiggerlo e viene portato alla sede centrale della Neo-DEAVA per capire come abbia fatto ad introdursi in un Vector e se anche lui era un element, insieme a Mikono. Lui risulta subito un element, mentre Mikono all'inizio risulta non avere alcun potere e viene riportata indietro, come da copione. Ma durante il viaggio la Terra (che gli invasori chiamano Vega[3]) viene attaccata e quindi il comandante della Neo-Daeva Zen Fudo riporta indietro Mikono e la fa salire sull'Aquarion.
In questo modo, sia Amata che Mikono restano all'Istituto Sacro Angelo (fondato dalla Neo-DEAVA per la formazione degli Element) anche se lei non sembra avere un particolare potere. Poi si scopre che invece ne ha uno. Anche se entrambi rimangono all'istituto, per un primo periodo non possono stare insieme, perché maschi e femmine sono separate da un muro, chiamato Berlin. Questo muro viene poi spezzato dall'Aquarion. Quando questo avviene, Fudo Zen dichiara che l'amore è proibito, e lo dichiara per evitare che si ripeta la tragedia. Questa affermazione viene colta dagli element con grande disapprovazione, che non capivano perché dato che si erano finalmente potuti vedere.
Nel frattempo su Altair si risveglia il misterioso sacerdote Mykage, un essere simile agli Angeli delle Tenebre, interessato al leggendario Aquarion, nascosto da qualche parte sulla Terra.
