Die Handlung setzt chronologisch etwa 30 Jahre nach den Geschehnissen aus Five Nights at Freddy's an. Die ehemalige Pizzeria Freddy Fazbear's Pizza wurde endgültig aufgegeben. Der Betreiber eines kleinen, nicht näher lokalisierten Vergnügungsparks beschließt, das ruinöse Lokal aufzukaufen, um in seinem Park eine Art begehbare Geisterbahn im Spukhaus-Stil zu eröffnen. Als Thema sollen ihm die Gerüchte und Legenden um Freddy Fazbear's Pizza dienen. Der Attraktionsbesitzer engagiert einen Nachtwächter, um die Geisterbahn zu bewachen.
Um seine Geisterbahn so gruselig wie möglich zu gestalten, lässt der neue Besitzer Teile der inzwischen zerstörten Animatronics aus Freddy Fazbear's Pizza in seinem Spukhaus als Gruselpuppen einbauen. Auch Kinderzeichnungen und Fliesen des alten Lokals werden (wieder-)verwendet. Bei den Abrissarbeiten entdeckt das Arbeiterteam einen bis dato unbekannten Raum, in dem sich alte Arcade-Automaten befinden. Neben den Spieleautomaten finden die verblüfften Arbeiter einen fast vollständig erhaltenen und überdies intakten Animatronic, der bislang nicht bekannt war.
In demselben Raum finden sich auch alte Tonbandkassetten mit gesprochenen Bedienungsanweisungen darauf. Diese enthüllen, dass bestimmte Animatronic-Kostüme eine komplexe Innenmechanik besaßen, die es erlaubte ihre Endoskelette mit Hilfe von Schnappschlössern so zu stauchen, dass ein schlanker Mitarbeiter das Kostüm tragen kann, um damit wie mit einem Maskottchen-Anzug durch das Lokal zu laufen. Die Tonbänder verraten außerdem, dass Fazbear Entertainment mit Sabotageakten und defekten Animatronic-Kostümen zu kämpfen hatte. Die Kostüme mit der beschriebenen Mechanik wurden nach einem nicht näher detaillierten Vorfall an einer anderen Betriebsstelle des Unternehmens aus dem Betrieb zurückgezogen und in einem für die Benutzer der Anzüge gemachten, auf Karten nicht verzeichneten Pausenraum eingemauert.
Während der Minispiele zwischen den Nächten sieht der Nachtwächter, wie ein ominöser, lila dargestellter Mann die alten Animatronics nacheinander zerstört. Es lässt sich spekulieren, dass der Lila Mann derselbe ist, der vor mehr als 30 Jahren mehrere Kinder in den Pizzerien ermordet hatte. Die alten Animatronics sind jedoch von den rachsüchtigen Geistern der ermordeten Kindern besessen. Die Geister entfliehen den zerstörten Puppen und drängen den Purple Guy in den geheimen Raum, wo er versucht, sich in den Animatronic Spring Bonnie zu retten. Doch die Schnappschlösser des Kostüms lösen sich während der Purple Guy höhnisch lacht, wodurch sich das Endoskelett entfaltet und ihn zerquetscht und zerschneidet.
Spring Bonnie wird daraufhin vom Purple Guy besessen, weswegen er dem Nachtwächter nach seiner Befreiung nachjagt und schlussendlich tötete.
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Freddy Fazbear's Pizzaria
TerrorÜber eine Zeitungsanzeige erfährt Mike Schmidt, dass die kurz vor der Schließung stehende, heruntergekommene Pizzeria „Freddy Fazbear's Pizza" einen Nachtwächter sucht. Mike nimmt an, da er sich mit den fünf Nachtschichten die versprochenen 120 $ (n...