FnaF-Sister Location spielt im Jahre 1983. Der Spieler schlüpft in die Rolle eines namenlosen Nachtwächters und Technikers, der in einer (nicht näher lokalisierten) Entertainment-Pizzeria namens Circus Baby's Pizza World arbeiten soll. Diese Pizzeria ist offenbar eins von mehreren Schwesternlokalen, wie sie in verschiedenen FnaF-Teilen erwähnt wurden. Auch dieses Lokal ist für seine Animatronics berühmt, besonders bei Kindern und Jugendlichen aller Altersgruppen genießt die Pizzeria größte Beliebtheit.
Zu Beginn des Spiels ist der Ausschnitt einer Unterhaltung zwischen dem Lokalbesitzer und dem ursprünglichen Erfinder und Techniker der Animatronics, einem gewissen Mr. William Afton, zu hören. Der Lokalbesitzer lobt und bewundert zwar die Animatronics und bezeichnet sie als „technische Kunstwerke". Doch er wundert sich über die Designwahl der Figuren, worauf Mr. Afton allerdings schweigt. Stattdessen schwärmt Mr. Afton davon, was seine Kreationen alles zu bieten haben:
Die Animatronics musizieren, singen und parlieren tagsüber auf prunkvoll geschmückten, heb- und senkbaren Showbühnen, jeder Animatronic besitzt seine eigene Minibühne. Die Figuren sind nicht nur sehr gelenkig, sie besitzen eine Künstliche Intelligenz (AI), aufgrund derer sie lebensecht mit den Kindern interagieren können. Sie beantworten Fragen, nehmen sogar Musikwünsche entgegen, lesen Kleinkindern lustige Geschichten vor und blasen Ballons auf. Quasi als i-Tüpfelchen können die Animatronics sogar Eiscreme spendieren und sich die Gesichter der Kinder merken, um sie dann beim nächsten Mal persönlich zu begrüßen.
Nachts werden die Animatronics mitsamt ihren Bühnen in unterirdische Wartungräume gefahren. Dort zeigen sie ein ganz anderes Gesicht:
Irgendwie funktionieren die Animatronics nicht richtig, sie verlassen immer wieder ihre Showbühnen, so als wollten sie aus dem Gebäude fliehen. Doch der Nachtdienst ist dazu gezwungen, den Figuren gezielte Elektroschocks zu verpassen, damit die Server der Animatronics komplett resetten und die Figuren auf ihre Showbühnen zurückkehren. Dies scheint die Figuren irgendwie wütend zu machen, denn nun versuchen sie immer häufiger und aggressiver, in die Steuerzentrale zu gelangen. Es gibt kaum Versteckmöglichkeiten für den Nachtwächter und sein Vorgänger wurde bereits tot im Lüftungsschacht aufgefunden. Nach diesem Vorfall wurde das Lokal Circus Baby's Pizza World geschlossen, als Grund wurde offiziell ein Leck in den Gasleitungen angegeben.
Offenbar hatte Mr. Afton all seine Animatronics nur zu einem Zweck erschaffen: um Kinder zu töten. Die Animatronics sind innen im Bauchbereich hohl, ein starker, mechanischer Greifarm ist im Hohlraum verborgen. Normalerweise überreicht der Greifarm Kindern Kuchen und Eiscreme. Aber sobald ein Kind mutterseelenallein ist, öffnet sich der Bauch des Animatronics und der Greifarm zieht das Kind blitzschnell in den Hohlraum. Als die kleine Tochter von Mr. Afton eines Tages unerlaubt in der Pizzeria zurückblieb und sich „Circus Baby" näherte, tötete Circus Baby das Kind. Daraufhin fuhr der Geist des Mädchens in Circus Baby. Dies veränderte die Künstliche Intelligenz der Animatronics. Sie wurden immer menschlicher und entwickelten schließlich selbst den Wunsch, „wie ein Mensch zu sein, um diesem schrecklichen Ort zu entfliehen". Zu diesem Zweck nahmen die Animatronics über Circus Baby Kontakt mit dem Nachtwächter auf, um ihn in eine Falle zu locken. Ihr Plan: einen menschlichen Körper übernehmen und entkommen, egal, was es kostet.
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Freddy Fazbear's Pizzaria
HorrorÜber eine Zeitungsanzeige erfährt Mike Schmidt, dass die kurz vor der Schließung stehende, heruntergekommene Pizzeria „Freddy Fazbear's Pizza" einen Nachtwächter sucht. Mike nimmt an, da er sich mit den fünf Nachtschichten die versprochenen 120 $ (n...