Seit Artemisias Niederlage sind sechs Monate vergangen. Esthar hat seinen Tarnschirm vor der Welt geöffnet und ist nun über die Horizon-Brücke erreichbar und wird derweil wieder aufgebaut, nachdem die Träne des Mondes reichliche Schäden angerichtet hatte. Galbadia wird unterdessen vom Militär und Oberst Carway regiert, während die Wahlen zur neuen Präsidentschaft laufen. Der Galbadia Garden steht nun unter neuer Leitung. Unsere Helden gönnen sich seither einen langen Urlaub nach dem letzten Kampf und genießen ein wenig das Nichtstun, als auch den Frieden der momentan herrscht. Doch dieser währt nicht lange. Nach einem schrecklichen Versehen wurde im Grabmal des unbekannten Königs ein Unheil heraufbeschworen und ein gigantisches Monster greift wahllos Städte, Züge und Menschen an. Nachdem schließlich auch der Balamb Garden Opfer eines unerwarteten Angriffes wird, beschließen die Direktoren der Garden sich zu einem Krisentreffen zu verabreden. Woher kommt dieses Monster und wer kontrolliert es?