Polarización interna y acercamiento a la Unión Soviética
Ernesto Guevara en Moscú, noviembre de 1964.
La situación se polarizó rápidamente. Inmediatamente después de la caída de Batista comenzaron a organizarse actividades militares y terroristas contra el nuevo gobierno, así como la preparación de tropas para invadir Cuba. Desde 1959 el dictador Trujillo en la República Dominicana apoyaba un ejército guerrillero denominado Legión Anticomunista del Caribe con el plan de invadir Cuba.
En Estados Unidos la CIA comenzó a organizar sabotajes e impulsar la organización de grupos guerrilleros anticastristas sobre la base de exfuncionarios de Batista, como La Rosa Blanca, y la creciente cantidad de exiliados cubanos opuestos a las medidas cada vez más radicales y procomunistas de la Revolución cubana.
En septiembre de 1959 el Che Guevara fue designado para organizar el Departamento de Industrialización del INRA, que se convertiría al año siguiente en Ministerio de Industria. Poco después, el 26 de noviembre de 1959, ante la renuncia y huida de la mayoría de los especialistas, fue nombrado presidente del Banco Nacional. Curiosamente, firmó los billetes emitidos durante su gestión únicamente con su apodo «Che». El 20 de febrero de 1960 se creó la Junta Central de Planificación (JUCEPLAN), cuyo principal promotor fue Guevara y que establecía la planificación centralizada en Cuba.
Desde sus cargos económicos el Che Guevara impulsó la nacionalización de empresas nacionales y extranjeras y sectores claves de la economía, la planificación centralizada y el trabajo voluntario. Guevara buscó también desarrollar la industria pesada mediante la industria siderúrgica, con el fin de romper la especialización económica y la dependencia del azúcar. Contó con el apoyo de un grupo de jóvenes que se formaron como especialistas con él, desde que la Columna 8 se encontraba en Escambray, entre los que se destacó Orlando Borrego, su viceministro, quien habría de ocupar altos cargos económicos en el futuro. Apoyó también la supresión de la autonomía universitaria, una de las principales banderas del movimiento latinoamericano de la Reforma Universitaria.
El 28 de julio de 1960, ante el Primer Congreso de Juventudes latinoamericanas, realizado en La Habana, el Che sostuvo un concepto que luego desarrollaría ampliamente: la idea del «hombre nuevo socialista», al que concebía como un nuevo tipo humano que se desarrollaría a la par del socialismo, y en el que el sentimiento de solidaridad y compromiso con la sociedad se impondría al interés y egoísmo personal. El trabajo voluntario era para él una expresión fundamental del hombre nuevo. Él personalmente dedicaba todos los sábados al trabajo voluntario, en las líneas de producción de las fábricas, la zafra, como obrero en las obras de construcción, y promovía esa actitud entre los demás funcionarios, los que no siempre recibieron de buena gana su austeridad y su propuesta de dar ejemplo con el comportamiento personal.