Article détaillé : Noms du Japon.
En japonais, « Japon » (日本) se dit Nihon ou Nippon, et éventuellement dans les documents administratifs Nipponkoku (日本国?) prononcé plus rarement Nihonkoku, soit « Nation japonaise ». La forme abrégée Ni- (日?)[11], toujours en préfixe, sert parfois dans un but qualificatif : ainsi trouve-t-on Nitchū (日中?) pour l'adjectif « nippo-chinois » ou « sino-japonais », Nisshōki (日章旗?) pour le drapeau national, Nikkei (日系?) pour tout ce qui a des origines japonaises.
Le nom 日本 veut dire « origine du soleil ». En effet, 日 signifie « soleil » (ou jour) et 本 signifie « origine » (ou racine). On peut donc donner comme signification à ce nom « le pays du Soleil-Levant ». C'est lors des premiers échanges commerciaux avec la Chine (traditionnellement par le biais d'une lettre du prince régent Shōtoku) que cette appellation, logique du point de vue du voisin occidental chinois, fut introduite, alors que les Japonais de l'époque désignaient leur pays sous le nom de Yamato (大和?, un ateji désignant à l'origine une région géographique de Nara). D'abord prononcé Hi-no-moto, il lui fut préféré, à partir de l'époque de Nara (viiie siècle) les prononciations Nihon ou Nippon, appellations encore en usage de nos jours.
Le nom japonais Nippon est utilisé sur les timbres, les billets de banque, et pour les événements sportifs internationaux, alors que Nihon est utilisé plus fréquemment dans la vie quotidienne. Nippon peut faire aussi référence à l'empire du Japon et donc à l'idéologie nationaliste de l'ère Shōwa. Il se retrouve dans le gentilé, Nihon-jin (日本人?, littéralement « personne du Japon »), et le nom de la langue, Nihon-go (日本語?). Outre Nihon-jin, employé tout particulièrement pour désigner des citoyens japonais situés au Japon, sont également utilisés les termes de Hōjin (邦人?, littéralement « personne du pays ») pour les citoyens japonais présents à l'étranger (désigne tant les touristes, les personnes d'affaires ou étudiants ayant quitté l'archipel pour des durées plus ou moins longues, expression notamment fréquente dans les médias lorsqu'elles parlent d'une catastrophe ayant fait des victimes japonaises). Nikkeijin (日系人?, littéralement « personne de lignée japonaise »), ou Nikkei (日系?, littéralement « de lignée japonaise »), est le mot générique pour les immigrants japonais et leurs descendants dans le monde (dont la principale communauté reste les Nippo-Américains), de toute génération, y compris ceux venus ou revenus vivre ou travailler au Japon mais n'en ayant pas la citoyenneté[12].
Yamato (大和?) est désormais le nom que l'on donne à la période historique allant de 250 à 710. C'est en fait le nom de la première structure impériale connue qui exerçait son pouvoir autour de Nara (奈良?) aux environs du ve siècle. Aujourd'hui, on trouve toujours le mot Yamato dans des expressions telles que Yamato-damashii (大和魂?, « l'esprit japonais »).
Le terme Japon viendrait très certainement de la prononciation chinoise de 日本 (rìbĕn [ʐ̩˥˩.pən˨˩˦] en mandarin d'aujourd'hui)[13]. Marco Polo utilisait le terme de Cipangu, dérivé du chinois Zipang utilisé par les chinois pour désigner le Japon à cette époque[14].
