Os X-Men, que não sabiam da verdade sobre Madelyne (que agoranamorava Destrutor, o irmão de Ciclope), vão protegê-la de maneira violenta, cheios de mágoas em relação ao X-Factor, por julgá-los caçadores de mutantes, traidores da raça. Uma batalha selvagem se dá entre eles, mas Jean Grey e Tempesdade (que sempre foram amigas muito queridas) conseguem acalmar os ânimos e direcioná-los ao verdadeiro inimigo: o Sr. Sinistro.
Na batalha final, Ciclope mata o Sr. Sinistro e a Rainha dos Duendes perde seus poderes e também morre, embora fique claro que ela era uma clone de Jean Grey, produzida pelo Sr. Sinistro, como os X-Men suspeitaram desde o início. Ciclope e Jean Grey passam a cuidar do filho dele,Nathan Summers.
O X-Factor, então, passa por uma fase sem grandes atrativos, encerrando a longa jornada da escritora Louise Simonson a frente da revista X-Factor, no número 63, em1990, logo após o arco Programa de X-Termínio, que será comentado abaixo.
Preparando o caminho para o fim do "primeiro X-Factor", a revista é assumida por Chris Claremont e Jim Lee, que dividem os roteiros para um arco em cinco partes desenhado por Whilce Portacio.
Em um ataque de Apocalipse, o bebê Nathan Summers éinfectado por um vírus tecnorgânico que vai matá-lo em pouco tempo. Então, uma mulher vinda do futuro, chamada Askani, aparece para salvá-lo, dizendo que pode curá-lo. Lendo sua mente, Jean percebe que ela fala a verdade e a criança é levada embora. (Histórias futuras revelariam que Askani agia a mando de Rachel Summers, a Fênix II, filha de Ciclope e Jean Grey no futuro). Mas é um golpe duro para Ciclope, que em pouco tempo perdeu a ex-esposa e o filho.
Mas este fato teria grandes desbobramentos em breve.
Enquanto isso, a revista Uncanny X-Men via o nascimento de um astro. Quando Silvestri abandonou o título, foi substituído pelo sul-coreano Jim Lee e seu estilo cheio de traços, composição arrojada, cenas estudadas e rostos cheios de fúria fez o maior sucesso. Rapidamente, Jim Lee se tornou uma das maiores estrelas da Marvel, tanto que passou até a colaborar com os argumentos de Claremont.
As histórias escritas por Claremont e Lee mostravam os X-Men dispersos pelo mundo. Roma tinha dado a eles um artefato chamado Portal do Destino, em que podiam atravessar e renascer com outra vida, sem lembranças. Colossus, Destrutor, Vampira fizeram uso dele e desapareceram. Tempestade foi reduzida à idade de uma criança e dada como morta. Wolverine estava mais interessado em suas "aventuras solo" (a revista Wolverinefazia bastante sucesso, agora nas mãos do escritor Larry Hama e do desenhista Marc Silvestri). E o Gambit fez sua estreia e, pouco depois, seria um mutante muito popular entre os fãs.
Mas Logan logo voltaria a se interessar por seu grupo quando conheceu a adolescente mutante Jubileu. O censo de responsabilidade falou mais alto e o baixinho decidiu treiná-la como Xavier teria feito. Os dois passaram a agir juntos e terminaram no Japão, onde Psyloche foi atacada pelo Tentáculo e transformada de uma lady britânica em uma ninja japonesa por meio de um processo de transferência de mente e corpo (é por coisas como essa que a revista do X-Factor era muito melhor...).
O Fim de uma Era
Wolverine, Psyloche e Jublileu começam a tentar reagrupar os X-Men. Ao mesmo tempo, Vampira está na Terra Selvagem comMagneto. O ex-vilão descobre como anular os poderes dela por meio de seu magnetismo – Vampira não podia tocar em ninguém sem absorver memórias e poderes – e, com isso, os dois vivem um intenso caso de amor. Mas tudo é atrapalhado pela emergência de um grupo de mutantes terroristas formados pelos Metamorfos, aqueles mesmos que Magneto liderou no fim dos anos 1960. (Veja a primeira parte do post).
