Animasi ini berkisah tentang Sakura Kinomoto, yang dalam versi animasinya, dikisahkan secara tidak sengaja membuka sebuah buku berisi Clow Card. Saat buku itu terbuka, semua kartu-kartu ciptaan Clow Reed sebanyak 52 lembar (17 lembar dalam manga) berhamburan ke seluruh penjuru kota Tomoeda. Adalah tugas dari Sakura untuk mengumpulkan kembali kartu-kartu itu dibantu makhluk bernama Cerberus, yang muncul bersamaan saat buku itu terbuka.
Dalam perjalanannya, Sakura ditemani oleh:
Tomoyo Daidouji, yang selalu mengambil gambar Sakura saat menyegel kartu Clow.
Syaoran Li yang pada awalnya bersaing dengan Sakura dalam mengumpulkan Clow Card, namun akhirnya justru jatuh cinta dengan Sakura.
Pada sesi pertama dan kedua anime ini, kisah masih seputar bagaimana Sakura mengumpulkan seluruh kartu Clow yang terpencar. Sebagian kartu yang disegel oleh Sakura menjadi milik Sakura atau Syaoran, tergantung siapa yang berhasil mengalahkan kartu tersebut. Pada akhir sesi, terjadi pertarungan untuk menentukan pemilik baru dari kartu dan kedua penjaga kartu tersebut, yakni Yue yang memiliki wujud sementara Yukito, dan Cerberus yang dalam versi Indonesia disebut Kero.
Sesi ketiga anime ini berlanjut dengan usaha Sakura untuk mengubah kartu Clow menjadi kartu Sakura yang baru, setelah ia ditetapkan sebagai pemilik baru. Intrik pun berlanjut, seperti kemunculan murid Eriol Hiiragizawa yang merupakan sebagian reinkarnasi Clow Reed, dan juga Syaoran yang selalu berusaha untuk mengungkapkan perasaannya pada Sakura.