Alur cerita dalam setiap cerita pendek biasanya berpusat pada usaha-usaha mustahil yang dilakukan Tom untuk menangkap Jerry, disertai dengan berbagai konflik fisik dan kerusakan materi. Mereka kadang-kadang terlihat dapat hidup damai berdampingan di beberapa episode (setidaknya dalam menit-menit pertama), jadi kadang-kadang tidak jelas mengapa Tom begitu bernafsunya mengejar Jerry. Beberapa alasannya mungkin adalah perseteruan abadi kucing dan tikus, tugas yang diberikan oleh pemilik rumah, balas dendam, dan kompetisi melawan kucing lainnya.
Tom jarang sekali sukses menangkap Jerry, terutama disebabkan oleh kepandaian dan kelincahan Jerry serta kebodohan Tom sendiri. Tom biasanya mengalahkan Jerry ketika sang tikus menjadi penyebab masalah atau ketika Jerry telah bertindak keterlaluan.
Cerita pendek mereka terkenal dengan lelucon yang paling sadis yang pernah ditampilkan dalam film animasi: Jerry memotong tubuh Tom menjadi dua, Jerry memasukkan ekor Tom kejendela, Jerry menjepit kepala Tom dengan jendela atau pintu, Jerry menjatuhkan berbagai benda berat mulai dari setrika, gada besi, penutup oven, gelas, piring, kaca, dan perabotan lainnya ke kepala Tom. Tom menggunakan segalanya mulai dari kapak, pistol, bom dinamit dan racun sebagai usahanya untuk membunuh Jerry, Jerry memanggang ekor Tom ke dalam panggangan roti, memasukkan ekor kucing itu ke dalam lubang listrik, menghantam wajah Tom dengan tongkat baseball, dan lainnya. Namun, disamping semua tindakan sadis ini, tidak ada darah atau hal-hal yang mengerikan tampil di dalam cerita mereka. Lelucon yang sering terulang dalam tindakan sadis ini adalah ketika Jerry memukul Tom ketika si kucing itu sedang melakukan sesuatu. Tom pada mulanya terlupa akan rasa sakit --- namun kemudian merasakannya beberapa saat kemudian!
