Durante il primo decennio del XXI secolo il Giappone è vissuto in una specie di "limbo legale" per quanto riguarda i diritti civili garantiti dallo Stato: oggi come oggi non esistono leggi a livello nazionale che proteggano da eventuali discriminazioni sul luogo di lavoro, così come non esiste alcuna possibilità di ricorso legale quando ci si trovi ad affrontare questo genere di discriminazione in settori come la scuola, l'assistenza sanitaria, il servizio bancario o l'alloggio. Bisogna tuttavia anche notare che casi di discriminazione basati sulle preferenze sessuali sono e rimangono relativamente rari: insegnanti gay, lesbiche o transgender possono tranquillamente svolgere il loro lavoro a tutti i livelli d'istruzione senza che la loro sessualità possa in alcun modo creare problemi. Allo stesso modo quando venne chiesto ai vertici delle forze militari nipponiche qual era la loro posizione riguardo a gay e lesbiche, a seguito del dibattito sui gay nell'esercito in USA durante l'amministrazione Clinton, risposero molto tranquillamente che per loro non sussisteva alcun problema e che le persone gay all'interno dell'esercito non avevano mai creato problemi o portato a scontri ideologici interni, non essendovi mai stato alcun ostacolo al loro inserimento nelle forze armate. La costituzione giapponese promette e garantisce parità di diritti a tutti i suoi cittadini indistintamente: quest'interpretazione fondante della prima carta dello Stato stronca sul nascere ogni tentativo di discriminazione verso una qualsiasi categoria di persone presente nel suo territorio.
Tuttavia, non essendo riconosciute civilmente le relazioni di coppia omosessuali, se e quando si verificano casi di violenza fisica, sessuale e/o psicologica da parte di uno dei partner nei confronti dell'altro, ecco che non scatta alcuna protezione legale in quanto vengono di fatto esclusi dalla legge "per la prevenzione della violenza coniugale e per la protezione delle vittime", e in generale mancano associazioni organizzate sul territorio che possano offrire aiuto e sostegno a chi ne abbia necessità. Mentre una legge apposita per le pari opportunità è stata rivista e aggiornata diverse volte negli anni per affrontare la discriminazione sessuale e le molestie sul posto di lavoro nei confronti delle donne, il governo, fino al 2010, ha sempre rifiutato di estendere questa legge per combattere la discriminazione nei confronti del genere o dell'identità sessuale. La prima causa vinta da un movimento apertamente gay e lesbico (l'OCCUR) è stato nel 1990, contro una direttiva del governo cittadino della capitale che voleva proibire i giovani omosessuali di poter usufruire degli ostelli della gioventù e altre istituzioni similari; ciò viene citato come un caso riguardante i diritti civili e a seguito di tale fatto il comune di Tokyo ha approvato una legislazione che vieta la discriminazione sui luoghi di lavoro basata sull'identità sessuale. A partire dal 2003 la maggiore agenzia abitativa gestita direttamente dal governo centrale (Urban Renaissance Agency-公団住宅) permette alle coppie omosessuali (che si presentano e si dichiarano come tali) di partecipare alle graduatorie per l'assegnazione d'alloggi allo stesso identico modo delle coppie sposate eterosessuali. Ciò ha aperto la strada ad altre iniziative, tra cui quella della prefettura di Osaka che dal 2005 ha permesso alle coppie dello stesso sesso di prendere in affitto unità abitative governative. Nel 2008 è stata approvata una legge che permette alle persone transgender, se lo vogliono, di ottenere il cambio legale di sesso sui documenti che le riguardano. Nel 2013 il quartiere di Osaka Yodogawa-ku è diventato il primo distretto amministrativo a impartire ai suoi impiegati e al proprio personale in generale una formazione professione volta, tra l'altro, a una maggior comprensione nei riguardi dei diritti LGBT.
