Escapando a África

El Secreto de los Soldados Alemanes

- Albert leía cuidadosamente un informe que le habían mandado sus informantes en la Alemania Nazi, estaba en compañía de su esposa y sus hijos mayores :

Joseph Mengeleb conocido como el Ángel de la muerte 

A comienzos de 1943, alentado por Von Verschuer, Mengele solicitó el traslado al servicio de campos de concentración, donde esperaba tener la oportunidad de realizar investigaciones genéticas con humanos.​​ Su solicitud fue aceptada y lo destinaron al campo de concentración de , donde , oficial jefe médico, lo nombró director médico del Zigeunerfamilienlager —campo de familias — en el complejo de Birkenau.​​

A finales de 1941, Hitler decidió que los judíos de Europa debían ser exterminados. Por ello, Auschwitz II-Birkenau, que en principio debía alojar trabajadores esclavos, pasó a ser una combinación de campo de trabajo y de .​​ Allí llegaban en tren diariamente prisioneros de toda la Europa ocupada por los alemanes.​ Hacia julio de 1942 las SS ya realizaban «selecciones», que consisten  en segregar a los judíos capaces e incapaces: los que podían trabajar eran admitidos en el campo de trabajo y los que no, eran enviados de inmediato a la muerte en las cámaras de gas.​ En los grupos de los que debían morir, que normalmente eran tres cuartas partes de todos los que llegan, estaban casi todos los niños, mujeres con sus bebés, embarazadas, todos los ancianos y aquellos que los médicos consideraban, tras una breve y superficial inspección, que no estaban completamente sanos.

Mengele, miembro del grupo de médicos que hace esta selección humana, no esta obligado a realizarla esta tarea, pero participaba con la esperanza de encontrar sujetos para sus experimentos.​ Estaba particularmente interesado en hallar hermanos gemelos​ y al contrario que otros médicos, que consideraban la tarea estresante y horrible, Mengele la realizaba con total soltura, con aires extravagantes, a menudo sonriendo, muy acicalado o silbando una melodía.

Mengele y el resto de médicos de las SS no trataban a los internos, sino que supervisaban a otros doctores prisioneros que estaban obligados a trabajar en el servicio médico del campo.​ Mengele visita semanalmente los barracones del hospital y envia a la cámara de gas a los presos que no se han recuperado después de dos semanas en cama.

También formaba parte del grupo de médicos responsable de administrar el , el pesticida a base de que se usa para matar a los prisioneros en las cámaras de gas de Birkenau. En concreto, realizó esta tarea en las cámaras localizadas en los crematorios IV y V.​

En 1943 estalló en el campo de los gitanos un brote de —una enfermedad bacteriológica que la boca y la cara—, Mengele inició un estudio para determinar la causa y desarrollar un tratamiento. Tomó como ayudante al prisionero Berthold Epstein, un judío y profesor de la . Mengele aisló a los pacientes en un barracón aparte y asesinó a varios niños gravemente enfermos para enviar sus cabezas y órganos a la Academia Médica de las SS en para su estudio. La investigación seguía en marcha cuando el campo gitano fue liquidado y sus ocupantes asesinados .​

En respuesta a una epidemia de en el campo de las mujeres, Mengele envió a las seiscientas ocupantes de un barracón a la cámara de gas. Después, el edificio fue limpiado y desinfectado y las ocupantes de un barracón cercano fueron bañadas y se les entregó ropa nueva antes de su traslado al barracón limpio. Este proceso se repitió hasta que todos los barracones estuvieron desinfectados. Este tipo de desinfecciones se volvieron a realizar cuando estallaron brotes de y otras enfermedades, pero en esos casos todos los prisioneros fueron enviados a la cámara de gas. (Por sus «esfuerzos», Mengele recibió la Cruz al Mérito Militar —de Segunda Clase con Espadas— y fue ascendido en 1944 a primer médico del campo de Birkenau.​)