Średniowiecze nie było okresem rozkwitu nauk. W zielarstwie też panował pewien zastój, choć nie straciło ono znaczenia, gdyż każdy chce być zdrowy. Wtedy właśnie dużo do powiedzenia miały baby-znachorki, wiedzmy-zielarki, które swą wiedzę opierały na ustnych przekazach. Nauka i jej rozwój znalazł miejsce w klasztorach. Tym większą wdzięczność winniśmy ówczesnym zakonnikom, dzięki którym przetrwała starożytna wiedza przyrodnicza, Przyczynili się do tego zwłaszcza benedyktyni, słynący z mrówczej pracowitości. Latami przepisywali ocalałe podczas wojen i najazdów księgi autorów, starożytnych. Zasługą zakonników było nie tylko przepisywanie ksiąg - uprawiali oni zioła w wirydarzach, sporządzali maści, wyciągi, odwary i często byli jedynymi lekarzami, gdy grasowały zarazy i "morowe powietrze". Zachował się sporządzony przez opata Gosberta na początku IX wieku plan klasztornego kompleksu, w którym znajdował się między innymi rodzaj szpitala, mieszkanie dla lekarza, ogród zielarski i przechowalnia ziół leczniczych. Wybitne zasługi dla zielarstwa położyli benedyktyni z Salerno w X-XI wieku. Dziełem ich był Regimen Sanitatis Salernitanorum, zawierający nie tylko cenne informacje o ziołach leczniczych, ale i przepisy dietetyczne. Wiele z nich przeniknęło do medycyny ludowej, która zaczęła się rozwijać w mniej magicznym, a bardziej racjonalnym kierunku. Zakonnicy nie ograniczali się do korzystania ze starożytnych przekazów greckich i rzymskich oraz własnych obserwacji, ale uzupełniali wiedzę, czerpiąc ją z arabskiego świata naukowego. W świecie tym wybitną postacią był Awicenna z Buchary (XI-XII wiek), a nieco później Ibn Al-Beithar. Ten ostatni opisał około 1400 roślin leczniczych, z których większość zbadał osobiście. W dobie renesansu zielarstwo przestawało już być domeną zakonników. Pojawiać się zaczęli aptekarze, olejkarze, "łowcy ziół", a przede wszystkim lekarze-botanicy, wśród których nie brak i Polaków, na przykład Jana Stańki, Marcina z Urzędowa i Szymona Syreńskiego. Wyprawy żeglarskie Hiszpanów i Portugalczyków nie tylko przyczyniły się do poznana i rozpowszechnienia nowych gatunków ziół, ale i wiedzy botaniczno-medycznej z innych kontynentów.
