A história se passa 23 dias após Sonic e o Cavaleiro Negro, Eggman volta ataca e Jazz retorna, Eggman enfrenta Sonic, Amy, Tails e Shadow e Zazz enfrenta o Knuckles, Charmy, Vector, Jet e Sonic.
No laboratório do Tails, Tails descobre que Eggman voltou a atacar e avisa ao Sonic, Sonic vai correndo conversar com o Eggman, mas ele acaba enfrentando Badniks
Sonic"o Eggman vai ter que se explicar"
Sonic começa a correr e destruir Badniks, Sonic perde seus anéis após ser atacado por um Badnik, mas Eggman descobre que Sonic descobriu o seu ataque e decide atacar ele, Sonic destrói todos os Badniks e Eggman aparece lançando mísseis
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Sonic desvia de todos os mísseis
Eggman"isso pode ser fácil, Sonic, mas quero ver desviar de tudo isso"
Eggman começa a colocar caixas explosivas e Sonic consegue desviar de todos e derrota o Eggman, Eggman foge e na Sonic é atinge uma caixa explosiva que explode e Sonic volta para o Laboratório do Tails para se recuperar.
