Dopo la scomparsa di Mattia, Pietro, Azzurra e Suor Angela sono costretti a dire tutto alla polizia: proprio nel momento in cui Suor Angela sta per rivelare quanto commesso, Nico raggiunge la villa e scagiona la religiosa, affermando di aver affidato lui il figlio alla donna, ma il vice questore aggiunto viene informato poco dopo della denuncia di Ginevra e, sebbene a malincuore, è costretto ad arrestare Suor Angela.
Nonostante ciò, Pietro ha capito tutto: è stata Marianna, la donna misteriosa vista in spiaggia e sua ex compagna, a rapire Mattia.
Così, il medico decide di recarsi da Marianna: la donna non ha alcuna intenzione di fare del male a Mattia, anzi, lo culla come se davvero fosse suo figlio e Pietro temporeggia prima di chiederglielo indietro. Una volta in commissariato, Suor Angela ritrova Suor Costanza e rivela di vedere Dio in lei e ora anche in Azzurra, ma non più nel suo cuore.
La superiora, dopo aver chiesto scusa alla consorella per averla abbandonata proprio durante la sua crisi di fede, le dice che in realtà Dio non l'ha mai abbandonata e che incontrarlo significa accettare che non sempre tutto ciò che accade ha un significato: se Suor Angela guarderà in fondo al suo cuore, riuscirà a ritrovare la fede che l'ha sempre accompagnata.
Nel frattempo, in convento, mentre Valentina apprende che Gabriele ha deciso di accettare la proposta di Teodora e presto si trasferiranno, Ginevra viene giustamente allontanata da tutti a causa della sua denuncia nei confronti di Suor Angela, oltre ad essere disprezzata da Nico, che le confessa di non riconoscerla più: la stessa Ginevra arriva al punto di affermare di non riconoscersi più. Intanto, Azzurra pensa alle parole di Suor Angela e parla anche con Suor Costanza, a cui la consorella ha detto delle nuove consapevolezze della giovane: la superiora le dice alla ragazza di sapere che è spaventata e confusa, ma che nessuno può dirle se ha davvero la vocazione, deve capirlo da sola e, se dovesse veramente sentire Dio dentro di sé, le dice di non aver paura e di abbandonarsi a Lui.
Così, la ragazza, per cercare di comprendere al meglio cosa le sta succedendo, domanda a Ginevra come ci si senta ad essere vicini a Dio, ma la novizia capisce di avere sempre più dubbi riguardo alla sua vocazione proprio grazie alle differenti sensazioni che lei e Azzurra provano: mentre lei sente pace e serenità nella sua presunta vocazione, Azzurra le dice di essere turbata, emozionata e confusa, proprio come ci si sente quando si è innamorati e come, infatti, si è sempre sentita solo col suo amato Guido ed esattamente come Ginevra capisce di sentirsi quando è vicina a Nico.
Nel frattempo, in cella, Suor Angela racconta tutto al vice questore che l'ha condotta in commissariato: questi vuole crederle ma, vista la denuncia da parte di Ginevra, è costretto a metterla in stato di fermo per una notte per farla parlare con il PM la mattina seguente.
Proprio dietro le sbarre, la suora trova conforto nella preghiera, riconciliandosi finalmente con Dio, nello stesso luogo in cui la sua nuova vita iniziò molti anni prima e dove la fede la abbracciò per la prima volta.
Invece, per Pietro la notte non va nel migliore dei modi: riesce a convincere Marianna a ridargli Mattia, ma rimugina su cosa sia meglio fare mentre guarda una foto con lui, Marianna e un altro bambino.
Solo al mattino decide di addossarsi la colpa del rapimento e a recarsi in commissariato con in braccio Mattia, appena in tempo per scagionare suor Angela da ogni colpa: Nico, assuntosi la difesa di Suor Angela, sta faticando ad ottenere la scarcerazione della suora anche con mancanza di prove.
Pietro perde il posto di lavoro come medico, mentre Suor Angela capisce che il medico sta palesemente proteggendo qualcuno e pertanto decide di recarsi a casa dell'uomo per saperne di più, ma non prima di essere ritornata in convento ed aver riabbracciato tutti, in particolare Azzurra, che finalmente forse è riuscita a ritrovare la pace, ed aver perdonato Ginevra, alla quale rivela di aver compreso le sue reali intenzioni.
Tornando con Nico alla villa al mare di Pietro, Suor Angela trova la foto, su cui Pietro ha rimuginato qualche notte prima, dove il medico è raffigurato insieme alla donna incontrata in spiaggia e un bambino tra le braccia.
Fattasi indicare la sua casa da un edicolante del posto, i due scoprono che Marianna è la madre di Michele, il bambino della foto avuto da una relazione con Pietro e morto a causa della meningite non rilevata in tempo dal medico: Pietro, sentendosi in colpa per la morte di Michele, ha permesso a Marianna di stare qualche ora con Mattia, non denunciando la ex compagna per il rapimento del piccolo.
A questo punto, Nico e Suor Angela giungono a casa del medico per avere altre spiegazioni e hanno da lui conferma del racconto di Marianna e l'uomo confessa anche che inizialmente non voleva nemmeno un figlio, ma si era poi fatto prendere troppo dal lavoro per concentrarsi sul suo ruolo di padre.
Di ritorno in convento, Suor Angela fa capire a Ginevra che Dio non vuole che lei diventi suora, ma che sia semplicemente sé stessa.
Finalmente, Valentina riesce a farsi coraggio e chiede a Gabriele di non andarsene e gli confessa di amarlo: solo in quel momento il medico le rivela di aver organizzato una messa in scena con complici Teodora, le gemelline e Suor Costanza solo per spingerla a fare quel passo decisivo, così i due finalmente tornano insieme.
Il giorno successivo ci sono buone notizie anche per Eugenia, che viene dimessa dall'ospedale, e per Pietro, che viene definitivamente scagionato da tutte le accuse e reintegrato in ospedale grazie alla confessione di Marianna.
In convento, intanto, è ormai giunto il tempo dei saluti: Ginevra se ne va la mattina presto senza salutare gli altri, Teodora e le gemelle partono per la loro nuova vita ora che sono di nuovo insieme e Nico, che nel frattempo ha deciso di fare marcia indietro decidendo finalmente di prendersi cura di Mattia grazie alle parole di Pietro riguardo al figlio scomparso Michele e per la grandissima gioia di Suor Angela, saluta il convento alla volta di Milano.
Tuttavia, appena partito, l'avvocato è costretto da una serie di deviazioni forzate a fare un tragitto particolare che lo portano nel luogo dove lui e Ginevra si sono dati il primo bacio il giorno in cui si sono conosciuti e ad attenderlo trova proprio Ginevra, che finalmente ha deciso di accettare sé stessa e di svestirsi dell'abito monacale e gli confessa di voler stare con lui: i due, ormai liberi dai propri fantasmi, possono vivere la loro storia.
Ad assistere alla scena, compiaciute, ci sono Suor Costanza e soprattutto Suor Angela, che si scopre essere la responsabile delle deviazioni stradali.
Azzurra, invece, resta in convento decisa ad iniziare questo nuovo cammino e consegna una lettera del Papa alle due suore: Suor Angela annuncia che il convento si trasferirà ad Assisi.
