Ang permanenteng paninirahan ay naitatag lamang noong 1565 nang makarating ang ekspedisyon na pinamunuan ni sa mula sa . Ang pamumuno ng mga Espanyol ay naitatag sa mga maliliit na malayang pamayanan na walang alam sa pamahalaang sentralisado. Matapos ang anim na taon, nang matalo ang isang na datu, itinatag ni Legazpi ang isang kabisera sa Maynila, na nagbigay ng pangunahing daungan sa , isang malaking at malapit sa mga kapatagan ng . Naging sentro ng pamahalaang kolonyal ang Maynila, pati na rin ang aktibidad na pang-militar, panrelihiyon at pangkalakalan (commercial).
Naglayag ang mga bantog na sa pagitan ng Maynila at , . Dinala nila ang at ilang mahahalagang mula sa sa Maynila upang bumili ng mga pampalasa mula sa at ang, , at mula sa at Timog-silangang Asya. Bagama't ginamit ang mga ito sa Mexico, karamihan sa mga kalakal ang dinala sa Espanya, upang ipagbili sa .
Ang Pilipinas ay naging ng hanggang 1821, nang makamit ng Mexico ang kalayaan.
Ang pananakop sa kapuluan ay nagtagumpay na walang pakikipaglaban (maliban sa mga Muslim). Naging problema ng mga Kastila ang pakikipaglaban ng mga Muslim sa at . Bilang sagot sa pag-atake ng mga Espanyol sa mga Muslim at kanilang mga kakampi, sinalakay nila ang mga lugar sa at na nasa ilalim ng pamamahala ng Espanyol. Naglunsad ang mga Kastila ng mga kampanya laban sa mga Muslim, ngunit wala itong naging tiyak na resulta hanggang sa gitna ng ika-19 siglo.
Magkaugnay ang at noong panahon ng Kastila. Naging responsibilidad ng estado ang mga establishimentong panrelihiyon. Isa sa mga naging layunin ng Espanya sa kolonyalisasyon ng Pilipinas ay ang pagbibinyag ng mga sa Kristiyanismo. Ang pagpapalit ng relihiyon ay naganap dahil sa kawalan ng ibang maayos na relihiyon, maliban sa Islam, na laganap sa Timog. Ang mga seremonya ng simbahan ay naging bantog, na naging dahilan upang mapasama ang iba't ibang sa Pilipino.
Watawat ng .
Naging sanhi nito ang pagdami ng mga Katoliko sa bansa, na tinutulan ng mga Muslim sa at mga tribu sa Hilagang Luzon (tulad ng mga ng ) at ang mga ng .
Ang mga Kastila ay nagtayo ng tradisyonal na ng sa pamamagitan ng mga pinunong lokal sa mababang antas ng pamamahala. Ang istilong ito na di-direktang pamamahala ang nagdulot ng pagbubuo ng mataas na antas ng mga Pilipino na tinatawag na principalia, na naging mayaman, mataas ang respeto at iba pang mga prihibelyo. Ito ay nagpakita ng isang sistemang sa lokal na pamamahala. Ilan sa mga pagbabago sa ilalim ng pamamahala ng Espanya ang pagpapalit ng ideya ng pagmamay-ari ng lupa sa konsepto ng pribadong pagmamay-ari at ang pagbibigay ng titulo sa mga kasapi ng principalia.
Hindi kumita ang Espanya sa Pilipinas bilang isang kolonya, at malapit nang maubos ang salapi ng pamahalaan dahil sa digmaan laban sa mga at sa pakikipag-laban sa mga Muslim. Ang kita ng pamahalaang kolonyal ay nanggaling sa kalakalang galyon.
