Pamamahala ni Manuel Roxas (1946–1948)
Nagkaroon ng halalan noong 1946, na nagluklok kay bilang unang pangulo ng malayang Pilipinas. Ibinalik ng Estados Unidos ang ng Pilipinas noong 4 Hulyo 1946. Ngunit ang ekonomiya ng Pilipinas ay nanatiling umaasa sa ekonomiya ng Estados Unidos, ayon kay , isang mataas na komisyoner ng Estados Unidos. Ang Philippine Trade Act, na ipinagtibay bilang isang kondisyon upang makatanggap ng perang gagamitin sa rehabilitasyon mula sa digmaan ang Pilipinas mula sa Estados Unidos, ay lalong nagpalala sa relasyon ng dalawang bansa sa probisyon itong itali ang ekonomiya ng dalawang bansa. Isang kasunduan na militar ang nilagdaan noong 1947 na nagtakda sa Estados Unidos ng 99-taong pag-uupa sa mga piling sa bansa (binawasan ito ng 25 taon noong 1967).
Pamamahala ni Elpidio Quirino (1948–1953), Pangulo ng Pilipinas mula 1948 hanggang 1953.
Pinatawad ng administrasyon ni Roxas ang mga taong nakipagtulungan sa mga Hapones noong Ikalawang Digmaang Pandaigdig, maliban sa mga taong gumawa ng mga marahas na krimen. Namatay si Roxas dahil sa at noong 1948, at humalili ang pangalawang pangulo, si , sa posisyon ng presidente. Tumakbo siya sa pagkapangulo noong 1949. Natalo ni Quirino si at nakamit niya ang apat na taong termino. Iniwan ng Ikalawang Digmaang Pandaigdig ang Pilipinas na sira-sira at nawalan ng moral. Ang muling pagbangon ng bansa ay naguluhan dahil sa mga aktibidad ng mga gerilyang ("Huks") na naging kalaban ng bagong pamahalaan ng Pilipinas. Ang mga panukala ng pamahalaan sa mga Huk ay parehong naging pang-negosasyon at pang-supresyon. Ang , si ay nagsimula ng kampanya upang matalo ang mga rebelde sa pamamagitan ng militar at para makuha na rin ang suporta ng pamahalaan mula sa mga mamamayan. Unti-unting kumunti ang kampanya ng mga Huk noong dekada 1950's, at tuluyang nagwakas ito sa walang kundisyon na pagsuko ni , pinuno ng mga Huk noong 1954.
Pamamahala ni Ramon Magsaysay (1953–1957), Pangulo ng Pilipinas mula 1953 hanggang 1957.
Suportado ng Estados Unidos, nahalal si Magsaysay sa pagkapangulo noong 1953 dahil sa popularidad niya sa mga tao. Ipinangako niya ang reporma sa ekonomiya, at napaunlad niya ang sa pamamagitan ng pagtaguyod sa paglipat ng tirahan ng mga mahihirap na tao sa Katolikong hilaga patungo sa mga tradisyonal na mga lugar ng mga Muslim. Kahit nakatulong ito sa pagbabawas ng populasyon sa Hilaga, tumaas ang tensiyong panrelihiyon. Ngunit naging popular pa rin siya sa mga mamamayan, at ang kanyang pagkamatay sa pagbagsak ng kanyang eroplano noong 1957 ay nagdulot ng kalungkutan sa maraming mga Pilipino.
Pamamahala ni Carlos Garcia (1957–1961), Pangulo ng Pilipinas mula 1957 hanggang 1961.
Humalili si sa posisyon ng pangulo matapos ang pagkamatay ni Magsaysay, at nahalal rin siya sa apat na taong termino noong Nobyembre ng taon ding iyon. Ipinatupad niya ang patakarang "Pilipino Muna", na nagbibigay ng pagkakataon sa mga Pilipino na malinang ang ekonomiya ng bansa. Nakipag-ugnayan si Garcia sa Estados Unidos ukol sa pagsasauli ang mga Amerikanong base militar sa Pilipinas. Ngunit nawala ang popularidad ng kanyang administrasyon dahil sa mga isyu ng kurapsiyon sa mga sumunod na taon.
Pamamahala ni Diosdado Macapagal (1961–1965), Pangulo ng Pilipinas mula 1961 hanggang 1965.
Nahalal si sa pagkapangulo noong halalan ng 1961. Ang panukalang banyaga ni Macapagal ay humingi ng mas malapit na relasyon sa mga kalapit na mga bansa, partikular na ang Malaya (ngayo'y ) at . Ang pakikipag-negosasyon niya sa Estados Unidos ukol sa mga karapatan sa mga base militar ay nagdulot ng negatibong damdamin sa mga Amerikano. Binago niya ang mula sa Hulyo 4 na pinalitan ng Hunyo 12, upang gunitain ang araw na idineklara ni Emilio Aguinaldo ang kalayaan ng bansa mula sa Espanya noong 1898.
Sa panahon ng panunungkulan ni Pangulong nagpatuloy sa pagtaas ang halaga ng bilihin, ngunit naisagawa niyang kahit paano'y mapanatili ang mababang halaga ng at . Gayunpama'y ang pagpupuslit ng mga kalakal na ipinagbabayad sa adwana'y laganap pa rin tulad ng dati. Si Macapagal sa kanyang sarili'y isang taong matapat, ngunit ipinapalagy ng mga taong siya'y mahina at hindi nababagay sa kanyang tungkulin, o kaya'y kinukunsinti niya ang katiwalian at kasamaang ginagawa ng mga taong malapit sa kanya o may lakas sa kanyang tanggapan.
