Tinuring ng Estados Unidos ang kanilang misyon sa Pilipinas bilang paghahanda ng mga Pilipino sa malayang pamamahala. Itinatag ang pamahalaang sibil noong 1901, na pinamahalaan ni , ang unang Amerikanong gobernador-heneral ng Pilipinas, na humalili kay Ang gobernador-heneral ang naging pinuno ng , isang kapisanan na itinatag ng Estados Unidos na may kapangyarihang tagapagbatas at may limitadong kapangyarihang tagapamahala. Nagpatupad ang komisyon ng batas na nagtayo ng iba't ibang mga sangay ng pamahalaan, kasama na rin ang istilong hudisyal, serbisyong sibil at pamahalaang lokal. Itinatag ang Pambansang Pulisya () upang pamahalaan ang mga natitirang kilusang lumalaban sa mga Amerikano at nang hindi naglaon ay ginampanan rin nito ang mga responsibilidad ng . Pinasinayaan ang halal na noong 1907 bilang ang mababang kapulungan, samantalang ang Komisyon ng Pilipinas ang mataas na kapulungan.
Ang mga panukala ng Estados Unidos sa Pilipinas ay napalitan kasabay ng pagpapalit ng mga administrasyon. Sa mga unang taon ng kolonyang pamamahala, ayaw ng mga Amerikano na ibigay ang karapatang pamamahala sa mga Pilipino. Ngunit, nang naging pangulo ng Estados Unidos si noong 1913, isang bagong panukala ang ipinagtibay na naging daan sa kalayaan ng Pilipinas. Ang , na ipinasa ng noong 1916, ay naging batayan ng pagtatag ng isang pamahalaan, nagpangako ng kalayaan at pagtatatag ng inihalal na .
Naganap noong dekada 1920 ang pakikipagtulungan at mga komprontasyon ng mga Pilipino sa mga gobernador-heneral ng Estados Unidos, depende kung kaya ng gobernador-heneral na pamahalaan ang kolonya kasama ang tagapagbatas ng bansa. Ang mga kasapi ng kongreso ay naghangad na makamit kaagad ang kalayaan mula sa Estados Unidos. Ipinadala sa ang ilang mga misyong pang-kalayaan. Itinatag ang na pinamahalaan ng mga Pilipino noong 1918.
Ang politika ng Pilipinas noong panahon ng kolonyalismo nito sa Estados Unidos ay pinamahalaan ng , na itinatag noong 1907. Kahit naghangad ito ng madaliang paggawad ng kasarinlan, naging mataas ang suporta nito sa Estados Unidos sa mga panukala nito. Pinamunuan ito ni , na naging mula noong 1916 hanggang 1935.