Unang nakarating ang mga Europeo sa Pilipinas sa pagdating ng expedisyon ng mga Español na pinamunuan ng na si noong 16 Marso 1521. Pumalaot si Magallanes sa pulo ng , inangkin ito para sa Espanya, at binigyan ito ng pangalan na Islas de San Lazaro.
Magiliw siyang nakipag-ugnayan sa ilang mga lokal na . Nagdaos pa sila ng tradisyonal na kung saan pinalalabas ang dugo sa braso, inihahalo sa tubig o alak at iniinom nilang magkasama. Sa ganitong paraan, ang dugo ng kasama niya ay nasa kanyang mga ugat na ginagawa silang "magkapatid sa dugo", isang sagrado at hindi pwedeng ipawalang-bisa na kasunduan. Nakumbinsi pa ni Magellan na maging. Nagawa niya itong gawin kay Humabon ng Cebu dahil sa Kristiyanismo, ginagalang ng mga bata ang mga matatanda. Ito ang nag-enganyo sa konbersiyon dahil noong panahong iyon ay hindi iginagalang ng mga bata ang matatanda dahil wala na silang magagawang mabuti sa tribo. Ang mga kabataan ang nag-uutos sa mga matanda. Nagpakita ito ng isang mahalagang pangyayari sa kasaysayan ng Pilipinas. Nagwagi si Magallanes laban kay Humabon sa pamamagitan ng pagdadala ng bagong kultura na nagpapahalaga sa dignidad ng tao.
Ngunit, napatay si Ferdinand Magellan ng pangkat ni , na tumutol sa pamamahala ng Espanya. Hinamon ni Magellan si Lapu-Lapu sa isang labanan, upang ipakita kung paano lumaban ang mga Europeo. May tatlong dahilan kung bakit natalo si Magellan laban kay Lapu-Lapu: (1) Hindi siya nagpadala ng tauhan upang suriin ang lugar, (2) binalaan niya ang kalaban na aatake siya at (3) pumayag siyang mas maraming tribo ang lumaban sa kanyang mga tauhan.
Sa mga sumunod na dekada, iba pang mga ekspedisyon ang ipinadala ng Espanya sa Pilipinas. Noong 1543, pinamunuan ni ang isang ekspedisyon patungo sa mga pulo at pinagalang Las Islas Felipinas (mula sa pangalan ni ng Espanya) ang mga pulo ng at . Hindi nagtagal, ibinigay ang pangalang ito sa buong arkipelago.
