Naglunsad ang bansang ng noong 8 Disyembre 1941, halos sampung oras lamang matapos ang . Ang pagbobomba sa pamamagitan ng paggamit ng mga eroplano ay sinundan ng pagdating ng mga sundalong Hapones sa Luzon. Ang hukbo ng mga Pilipino at Amerikanong sundalo ay pinamunuan ni Heneral . Dahil sa pagdami ng mga kalabang dumarating sa bansa, lumikas ang mga hukbong Pilipino at Amerikano sa at sa pulo ng . Ang Maynila, na idineklarang bukas na lungsod/Open City upang maiwasan ang pagkawasak nito, ngunit naging pasaway ang mga hapones at sinalakay pa rin ito ito ay pinasok ng mga Hapones noong 2 Enero 1942. Nagpatuloy ang pagtatanggol ng mga Pilipino hanggang sa pagsuko ng mga sundalong Pilipino at Amerikano sa Bataan noong 9 Abril 1942 at ang Corregidor noong Mayo 6. Karamihan sa 80,000 na mga preso ng digmaan na nahuli ng mga Hapones sa Bataan ay sapilitang patungo sa isang kulungang may layo ng 105 kilometro sa Hilaga (Pampangga) . Tinatayang 10,000 mga Pilipino, 300 mga Pilipinong Intsik at 1,200 mga Amerikano ang namatay bago makarating sa destinasyon.
Sumama sina Quezon at Osmeña sa mga sundalong patungong Corregidor at hindi nagtagal ay umalis sila patungong Estados Unidos, at doon pinamahalaan ang Komonwelt. Inutusan si MacArthur na pumunta sa , kung saan sinimulan niya ang planong pagbabalik sa Pilipinas.
, Pangulo ng Pilipinas mula 1943 hanggang 1945.
Agad na nag-organisa ang mga awtoridad ng militar ng Hapon ng bagong estruktura ng pamahalaan sa Pilipinas at itinatag ang (Kapisanan sa Paglilingkod sa Bagong Pilipinas). Isinaayos nila ang na nagpatupad ng mga pang-sibil na batas hanggang 1943, nang ideklara nila ang Pilipinas bilang isang malayang bansa. Ang republikang nasa ilalim ng mga Hapones na pinamunuan ni ay hindi naging popular.
Ang pagsakop ng mga Hapon sa Pilipinas ay tinutulan nang maraming aktibidad ng mga gerilya. Lumaban ang pangkat ng militar ng sa mga Hapones sa isang digmaang gerilya at kinilalang isa itong pangkat ng Hukbong Katihan ng Estados Unidos. Ang tagumpay ng pakikipaglabang ito ay ipinakita sa katapusan ng digmaan, kung saan kontrolado lamang ng mga Hapones ang labindalawa sa apatnapu't walong lalawigan sa bansa. Ang pangunahing elemento ng paghihimagsik sa Gitnang Luzon ay ginampanan ng (Hukbong Bayan Laban sa Hapon), na mayroong 30,000 kasapi at ipinaabot ang kontrol sa karamihang lugar sa Luzon.
Noong 8 Mayo 1942 hanggang 2 Setyembre 1945, nagsimula ang kampanya ng Labanan ng Pilipinong Nadakpin-Muli sa Pilipinas sa ilalim ng pagsakop ng mga Hapon. Mahigit daan-libong mga Pilipino at mga Pilipinong Intsik na kalakihan ay sumali bilang sundalo ay isang dating militar ng sa ilalim ng pangkat ng militar ng Estados Unidos (1935–1946) at ang sumali bilang gerilya ng kumilalang pangkat ng gerilya sa buong pagbabaka at labanang ito sa Pilipinas katulad ng Luzon, Visayas at Mindanao at lumaban sila sa mga Hapon, at bago po pagbabalik ng mga Amerikanong sundalo sa Pilipinas noong 1944.
si Heneral Douglas MacArthur at si Pangulong Sergio Osmena kasama ang maraming mga Pilipino at Amerikanong sundalo sa noong 20 Oktubre 1944. Maraming pang mga sundalo ang dumating, at pinasok ng mga Magkakaalyadong sundalong Pilipino at Amerikano ang . Nagtagal ang labanan hanggang sa pormal na pagsuko ng Hapon noong 2 Setyembre 1945. Nagdanas ang Pilipinas ng pagkawala ng maraming buhay at malawakang pagkasira nang matapos ang digmaan. Tinatayang isang milyong Pilipino ang namatay, at nawasak ang Maynila dahil hindi idineklara ng mga Hapones ang Maynila bilang isang bukas na lungsod katulad ng ginawa ng mga Amerikano noong 1942.
, Pangulo ng Pilipinas mula 1944 hanggang 1946.
Kasama ni Pangulong Manuel L. Quezon sa Estados Unidos si Sergio Osmena. Namatay si Quezon sa sakit na tuberkulosis noong 1 Agosto 1944 at si Osmeña ang humalili sa kanya. Kasama siya ng mga puwersang Amerikanong lumunsad sa Leyte. Samantala maraming ang magkakasanib ng mga sundalong Pilipino at Amerikano kasama ng mga kumilalang gerilya ay ipagtatanggol ng sagupaan ng pakipaglaban sa mga Hapones ay simula ng kampanya ng labanan ng pagpapalaya sa Pilipinas. Nagsilbi siya bilang pangulo ng bansa hanggang sa magkaroon ng halalan noong 23 Abril 1946. Paghahanda ito sa pagbibigay ng kalayaan ng Estados Unidos. Kumandidato siya bilang pangulo, ngunit natalo kay Manuel Roxas.
