El club tiene más de 250.000 socios y más de 4000 clubes de hinchas con más de 300.000 miembros,con lo cual es el club con el mayor número de seguidores en Alemania y el club deportivo con el mayor número de socios en el mundo.El club dispone de seguidores por todo el país, se han sido vendido todas las entradas para todos los partidos del Bayern fuera de casa en estos últimos años.
Los grupos más prominentes son la Schickeria München, los Red Múnichs '89, el Südkurve '73, los Múnichmaniacs 1996, el Service Crew Múnich, Red Angels, el Tavernen Crew München, y el Red Sharks. Stern des Südens es la canción que los admiradores cantan en los juegos domésticos. En los 90' también solían cantar FC Bayern, Forever Number One.
Sus ultras proporcionan el mejor ambiente de Alemania en partidos fuera de casa, y luchan junto con otros clubes como el VfL Bochum, Hertha Berlín y el FC St. Pauli, contra la homofobia y el racismo en los estadios.No obstante el club ha recibido multas por el comportamiento homófobo de sus ultras, ya que en 2014 el club sufrió una sanción económica de la UEFA por un cartel homofóbico contra el Arsenal Football Club.
También se sabe que han protestado con la llegada de Manuel Neuer, ex jugador del Schalke 04. De hecho, popularmente el Schalke 04 es un gran enemigo de Baviera, debido a la relación formal que tuvo con el régimen nazi . El Schickeria München, uno de los principales grupos de ultras del club, abucheaba a Neuer antes y después de llegar al Bayern con el cántico "Koan Neuer" (Ningún Neuer), pero las altas cualidades del jugador finalmente hicieron que los ultras aplaudieran las actuaciones del portero, sobre todo tras la victoria en penales en la semifinal de la Liga de Campeones de la UEFA ante el Real Madrid en 2012.
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El Bayern de Múnich tiene muchos fanes famosos, entre ellos el Papa Benedicto XVI, Nico Rosberg, Robbie Williams, Wladimir Klitschko, Steffi Graf y Boris Becker.
