Cuando se fundó el club, los colores del Bayern eran blanco y azul, pero el club jugó en camisetas blancas y pantalones negros hasta 1905, cuando el Bayern se fusionó con el MSC. El MSC estableció que los futbolistas tenían que jugar con pantalones rojos. También los jugadores más jóvenes jugaron en pantalones rojos, lo cual se interpretó entonces como un insulto. El Bayern ha jugado en rojo y blanco durante la mayor parte de su existencia, pero el azul ha sido incluido en ocasiones. En la temporada de 1969-70 las camisetas estaban rayadas en azul y blanco, y los pantalones y los calcetines también eran azules. Un estilo similar apareció en 1995, cuando el azul fue por primera vez el color dominante. En 1999 el Bayern regresó a sus colores originales.
Cuando el Bayern Múnich juega fuera de casa, ha tenido una gran variedad de colores a través de los años, entre ellos negro, blanco, azul y verde dorado. El Bayern también presenta un uniforme distinto para los partidos internacionales. En 2009, el conjunto doméstico era rojo, el conjunto como visitante era azul oscuro y el conjunto internacional era blanco.[
En los 80' y 90', el Bayern usó un conjunto especial de visitante al jugar contra 1. FC Kaiserslautern, equivalente a los colores brasileños, el azul y el amarillo, una superstición producida por el hecho de que al club le costó ganar allí.[93]
Para la temporada 2015-16, el Bayern tiene una camiseta doméstica roja con rayas rojas en una tonalidad más oscura, camisetas blancas con rayas rojas y negras cuando va de visitante, y un azul muy oscuro con rayas rosadas para los partidos internacionales (Liga de Campeones).
