Como la asociación más exitosa, es sabido que el club es conocido popularmente como el equipo más grande -y más odiado- de Alemania. El club despierta recelo y antipatía por su riqueza y logros, pero siempre se ha mostrado fiel a sus principios, además de ser el gran referente deportivo de la región de Baviera.
En Alemania, el fútbol reniega y desprecia al Bayern de Múnich, pero sus aficionados responden entonando el eslogan más conocido de la entidad, Mia san mia, que en el dialecto bávaro significa nosotros somos nosotros, o sea: nos da igual lo que piensen los demás . Para Matthias Sammer, director deportivo del club: "Si caemos mal es porque otros intentan ser simpáticos y nosotros, simplemente, queremos ganar".
Para el periodista berlinés, Florian Haup, entender por qué el pueblo alemán odia al Bayern "daría para hacer un tratado psicológico". El crecimiento del Bayern coincide con el de Baviera, la región con más poder adquisitivo de Alemania en la actualidad pero que en la década de 1960 recibió mucha ayuda del resto de comunidades. Por otra parte el poeta y escritor alemán Albert Ostermeier, escribió en el Süddeutsche Zeitung: "El Bayern no pertenece a ningún jeque, y todavía tiene más alma que la mayoría de los otros clubes". De hecho, presumía de que el Bayern era un club pobre que se hizo rico en la década de 1970 a base de éxitos deportivos que atrajeron a los patrocinadores. Para Uli Hoeneß, ex-directivo del club: "El dinero nos lo hemos ganado y no nos lo ha regalado ningún tipo rico" , dijo Hoeneß a Sky plc, presumiendo de pagar solo en dinero en efectivo, mientras que otros clubes mediante créditos .
El Bayern también destacó por ser uno de los pocos clubes que se opuso al régimen de Adolf Hitler entre 1933 y 1945. En 2005, la Federación Alemana de Fútbol creó el Premio Julius Hirsch, por la tolerancia y contra el extremismo, que se otorgó al Bayern, precisamente por el papel que tuvo durante el régimen nacionalsocialista.
El club también ha sido catalogado durante algún tiempo como el Bayern-suerte (Bayern-Dusel en alemán) debido a su habilidad para voltear los juegos y ganar en los últimos minutos del partido. En sentido figurado, el término también se utiliza en otros deportes . A pesar de ello, el club ha fallado a menudo y más dramáticamente que en otros deportes. De acuerdo a jugadores y aficionados del club, las victorias finales no representan una "felicidad", sino el resultado de una fuerza proveniente del nerviosismo, la resistencia y la experiencia.
Dicen y me contaron que todo empezó en 1974 contra el Atlético de Madrid, cuando empataron la final de la Copa de Europa en el minuto 92 y en el partido de desempate arrasaron a los colchoneros (4-0)
Regularmente, se ha acusado al éxito del Bayern en gran medida, por debilitar a sus rivales de liga. Así declaró el director ejecutivo del Borussia Dortmund, Hans-Joachim Watzke, quién había acusado al Bayern en otras oportunidades de querer destruir (zerstören) al Borussia Dortmund. Del mismo modo se expresó Axel Schweitzer, presidente del club de baloncesto ALBA Berlín, quien criticó el hecho de que el Bayern ofreciera "salarios absurdos" a sus jugadores . De hecho, el entonces presidente Uli Hoeneß admitió que el motivo de debilitar a sus oponentes ha jugado un papel importante en las transferencias de jugadores en el pasado. Así fue en 2007, cuando el entonces jugador del Alemannia Aachen, Jan Schlaudraff, fue comprado solo para debilitar al Werder Bremen, quién quería contar con el jugador.
Tras la evasión fiscal de Hoeneß, y su posterior arresto, la noticia fue combustible para los enemigos del club. Anteriormente el Director General Karl-Heinz Rummenigge había sido acusado por delitos aduaneros en 2013, y en 2003 el club protagonizó un escándalo denominado Kirch-Affäre, el cual fue un acuerdo secreto con el grupo Kirch, que pagó al club más de 20 millones de euros, lo que desató las sospechas de una "compra de favores". Estos antecedentes fueron determinantes para que el Consejo de Vigilancia de Alemania haya solicitado la renuncia de Hoeneß. Edda Müller, presidenta de Transparencia Internacional, también pidió la dimisión de su cargo.
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Algunos grupos musicales escribieron canciones insultantes contra el club, como Norbert und die Feiglinge con el tema Bayern perdió (Bayern hat verloren en alemán) en 1999, y posteriormente cantada por Die Schröders en 2001. La banda Original Deutschmacher produjo en el 2000 el tema Who the fuck is Bayern?, una versión del tema Alice, who the fuck is Alice? de la banda Gompie. También el comediante alemán Ingo Appelt interpretó la canción Eres un Hoeneß, utilizando el nombre del gerente del Bayern como un insulto.
