A finales del 2003 la banda comenzó a escribir y grabar con su nuevo productor Rick Rubin, quien antes había trabajado con Johnny Cash, System of a Down, Red Hot Chili Peppers, Valkiria, The Cult y Slayer. La banda lanzó el tercer álbum Vol 3: The Subliminal Verses el 24 de mayo de 2004. Alcanzó el número 2 en el Billboard 200 y obtuvo buenas críticas. Johnny Loftus de Allmusic, dijo sobre él: "una satisfacción, el trabajo más cuidadoso (de la banda) hasta la fecha" y Robert Cherry de Rolling Stone afirmó: "experimentaron incluso con más nuevos extremos, y en Slipknot, se incorporan como estructuras tradicionales". En el 2004, la banda participa del Ozzfest por tercera vez, y hacen su primera presentación en el Download Festival. En dicho festival, Jordison, reemplazó en la batería a Lars Ulrich de Metallica, que fue llevado de urgencia al hospital. Durante el 2005, se presentaron sin Crahan, que estaba apoyando a su esposa durante una enfermedad.
El 1 de noviembre de 2005, lanzaron su primer álbum en vivo 9.0 Live, que alcanzó el número 17 en el Billboard 200. Incluía grabaciones hechas en Phoenix, Las Vegas, Osaka, Singapur y Tokio. En el 2006, la banda ganó su primer y único Grammy, para "Mejor presentación de Metal" con "Before I Forget". Al final de ese año, Slipknot publicó su tercer DVD, titulado Voliminal: Inside the Nine.
Varios miembros de la banda colaboraron en el CD "Roadrunner United: The All-Star Sessions" que se lanzó en octubre de 2005. Para este trabajo, Jordison tomó el papel de "capitán de equipo". Root, Taylor y Gray, también ayudaron en el álbum. Durante el 2006, Corey Taylor y James Root, regresaron nuevamente a Stone Sour, para lanzar su disco Come What (ever) May. Joey Jordison tocó en algunas como Ministry (2006) y Korn (2007). También produjo el disco Fire Up the Blades de la banda 3 Inches of Blood, que fue lanzado a principios del 2007. Durante el 2007, Shawn Crahan mostró su nuevo proyecto personal, llamado Dirty Little Rabbits. Corey Taylor dijo en una entrevista para VH1 que se tomarían un descanso hasta el 2008, para retomar sus proyectos personales.
