A finales de 1998, los nueve miembros de Slipknot vuelven a grabar nuevo material en el estudio. Más tarde, a principios de 1999, Brainard decide abandonar la banda por problemas personales. Es remplazado por James Root, que completó la formación actual. La grabación de su álbum terminó a principios de ese año. El grupo participó en el Ozzfest Festival, que tuvo lugar en marzo, atrayendo a un gran número de nuevos fans. El 29 de junio de 1999 fue lanzado su álbum homónimo, Slipknot.
Slipknot creó nuevas versiones de sus canciones antiguas, aumentando su rapidez y cambiando su intensidad, iniciativa que fue bien más antigua. Ese mismo año, Slipknot lanza su primer vídeo casero, titulado Welcome To Our Neighborhood (lanzado en DVD en el 2003). A comienzos del 2000, el álbum Slipknot fue certificado como platino, siendo el primer álbum de Roadrunner en obtener dicha distinción. En julio de 2001, la revista "Q" lo nombró como uno de los "50 álbumes más heavies de todos los tiempos"
