Tính dục và bản năng sinh lý trong đời sống cũng được thảo luận trong học thuyết của Jung. Chúng là một nhóm nguyên mẫu được ông gọi là bóng tối, vốn được lưu lại nơi con người do được thừa hưởng từ tổ tiên là thời tiền nhân loại – chủ yếu đến từ tổ tiên của chúng ta là thú vật, nhằm phục vụ chủ yếu hai chức năng tồn tại và sinh sản. Vì thế tổ tiên của chúng ta hoàn toàn không có ý thức về chính mình.
Đây là thái cực bóng tối của cái tôi. Đây là khu vực chất chứa những khả năng độc ác hằn học của con người. Nguyên mẫu bóng tối đại diện cho thuộc tính thú vật nơi con người, thể hiện qua việc thiếu sự có mặt tinh thần đạo đức mà mỗi con người trong chúng ta ai cũng từng có. Điều này hoàn toàn không phải là xấu hay tốt, đơn giản là chúng ta trở về gần gũi hơn với tổ tiên của mình là thú vật, nhất là trong vận hành để sinh tồn. Chẳng hạn, cọp mẹ đi săn để nuôi con chứ không phải vì độc ác. Đây là một hình ảnh khá khách quan vô tư nhưng qua lăng kính phát triển đạo đức của con người đã trở thành tàn nhẫn, phi nhân tính, vì thế nguyên mẫu bóng tối là nơi những điều tự nhiên (gần gũi với thủy tổ là động vật thấp hơn) của con người được cất giữ.
Biểu tượng của nguyên mẫu bóng tối bao gồm con rắn (như mô tả trong Kinh Thánh), con rồng, và những hình ảnh ma quỷ khác. Thường được coi như là vật cản canh cổng dẫn vào một hồ nước (là nơi được coi là cõi vô thức). Và khi nằm mơ thấy những hình ảnh trên (theo Jung) sẽ có nghĩa là bạn đang đánh vật với những thế lực đen tối của chính mình.
