Dylan O'Brien

Maze Runner - Die Auserwählten in der Todeszone

Thomas - Dylan O'Brien

Teresa Agnes - Kaya Scodelario

Newt - Thomas Brodie-Sangster

Frypan - Dexter Darden

Harriet - Nathalie Emmanuel

Jorge - Giancarlo Esposito

Janson - Aidan Gillen

Lawrence - Walton Goggins

Minho - Ki Hong Lee

Aris Jones - Jacob Lofland

Vince - Barry Pepper

Gally - Will Poulter

Brenda - Rosa Salazar

Ava Paige - Patricia Clarkson

Einige Monate sind vergangen, seitdem der „Rechte Arm" zerschlagen wurde und WCKD wieder einmal Immune für ihre Experimente entführte, darunter auch Minho. Inzwischen ist die Gruppe um Thomas an Geheiminformationen über eine Gefangenenverlegung gelangt. In einer waghalsigen Rettungsaktion greifen sie einen schwer bewachten Zug an, in welchem sie Minho vermuten. Zwar gelingt es ihnen, die Gefangenen zu befreien, müssen aber feststellen, dass sich Minho nicht unter ihnen befindet. Sie erfahren, dass der Zug auf dem Weg in die sogenannte „Letzte Stadt" war. Laut Jorge handelt es sich dabei um das Hauptquartier von WCKD.

Entgegen den Plänen von Vince brechen Thomas, Newt und Frypan heimlich auf, um Minho aus den Fängen von WCKD zu befreien. Auf ihrem Weg müssen die drei Freunde einen Tunnel durchqueren, in dem sie von unzähligen „Cranks", mit dem Brandvirus infizierten Menschen, attackiert werden. Im letzten Moment tauchen Jorge und Brenda auf und retten sie.

Währenddessen überzeugen die Leiterin des Forschungsprogramms, Ava Paige, und die inzwischen ebenfalls am Programm beteiligte Teresa andere Führungsmitglieder von WCKD, die Tests an den Immunen auszuweiten. Teresa argumentiert, dass nur die Entwicklung eines Heilmittels die erbrachten Opfer rechtfertigen würde.

Gleichzeitig erlebt der gefangene Minho in einer Simulation Szenarien aus Zeiten des „Labyrinths" nach. Es wird offenbar, dass der Sinn der Labyrinthe darin bestand, die Immunen über längere Zeit hohen physischen bzw. psychischen Belastungen auszusetzen und damit Angst in ihnen zu erzeugen, durch die eine Entwicklung von Antikörpern gegen das Brandvirus in ihrem Blut ausgelöst wird. Damit war es WCKD möglich, ein Serum zu generieren, das jedoch letztlich den Ausbruch des Virus im Organismus nur verzögerte.

Die Gruppe um Thomas erreicht inzwischen die „Letzte Stadt". Vor deren Toren geraten sie in eine protestierende Menschenmenge, die Einlass und Hilfe von der „Letzten Stadt" erwartet. Der Protest wird jedoch durch WCKD blutig aufgelöst. Die Gruppe erkennt, dass es schwer werden wird, in die hochgesicherte Stadt zu gelangen, was sich schnell bewahrheitet und die Neuankömmlinge von einer Gruppe maskierter Personen entführt werden.

Die Gruppe wird in die Unterkunft der Maskierten geführt, wo sich einer der Männer zu ihrer Überraschung als der totgeglaubte Gally entpuppt. Nach einer kurzen Rangelei bringt man sie zum Anführer der Rebellen. Sie verbünden sich daraufhin mit Lawrence, der nur durch gestohlenes Serum von der Verwandlung zum Crank abgehalten wird. Er schlägt vor, die Thomas und seine Freunde bei der Befreiung von Minho zu unterstützen, wenn sie ihrerseits den Rebellen dabei helfen, in die „Letzte Stadt" zu gelangen. Mittels eines geheimen Weges könnten sie unbemerkt in die Stadt kommen und die Verteidigungsmechanismen lahmlegen. Gally, der auf einem Streifzug Teresa in der Stadt entdeckt hatte, erklärt diese zum Schlüssel ihres Unterfangens Minho zu befreien. Sie planen deshalb, sie gefangen zu nehmen. Kurz vor dem Aufbruch gesteht Newt Thomas, dass er sich mit dem Virus infiziert hat und somit nicht immun ist. Thomas ist entschlossener denn je und plant, Newt ein Serum zu beschaffen.

Thomas, Newt und Gally gelangen in die Stadt. Sie treffen auf Teresa und nehmen sie gefangen. Zurück im Quartier der Rebellen überzeugt Thomas Teresa, sie ins Hauptquartier von WCKD zu führen.

Thomas, Newt und Gally gelangen als WCKD-Soldaten getarnt zusammen mit Teresa ins Hauptquartier. Sie erreichen die gefangenen Immunen, jedoch wurde Minho erneut von diesen isoliert. Gally bleibt bei den Immunen und sucht nach einem Serum für Newt, während Thomas und Newt zusammen mit Teresa weiter nach Minho suchen. Bereits kurze Zeit später werden sie jedoch vom WCKD-Sicherheitschef Janson entdeckt. Teresa verhilft den beiden zur Flucht und begibt sich in den Labor-Bereich.

Gally findet inzwischen das gesuchte Serum, übergibt die gefangenen Immunen an Brenda, die sie zusammen mit Frypan in Sicherheit bringt, und begibt sich auf die Suche nach Thomas. Thomas und Newt finden derweil Minho im Medizinbereich und sie können gemeinsam entkommen.

Teresa macht im Laborbereich gleichzeitig eine entscheidende Entdeckung. Der unnormal gute Gesundheitszustand von Brenda machte sie stutzig, weshalb sie im Quartier der Rebellen mit einem benutzten Verband eine Blutprobe von Thomas einsteckte. Die Untersuchung des Blutes zeigt, dass Thomas' Antikörper inzwischen in der Lage sind, das Virus vollständig zu bekämpfen. Sie und Ava Paige versuchen daraufhin, Thomas zu finden.

Da Gally bei der Befreiung der Immunen das Computersystem von WCKD manipuliert hat, haben die Rebellen um Lawrence inzwischen die Kontrolle über die Verteidigungssysteme der Stadt gewonnen. In einer Kamikazeaktion lenkt Lawrence ein mit Sprengstoff beladenes Auto in das Tor zur Stadt. Den Rebellen gelingt es daraufhin, die Stadt zu infiltrieren.

Gally findet Thomas, Newt und einen überraschten Minho. Da sich Newts Gesundheitszustand zunehmend verschlechtert, laufen Minho und Gally zu Brenda, um das Serum zu holen. Newt beginnt sich jedoch bereits kurz nach ihrem Aufbruch zu verwandeln. Er greift Thomas an, bittet ihn dann in einem geistesklaren Moment, ihn zu töten, und tötet sich letztlich mit einem Messer selbst.

Teresa bittet daraufhin Thomas über Lautsprecher, zu WCKD zurückzukehren, da er das Heilmittel in sich trage und somit Newt retten könne. Niedergeschlagen akzeptiert Thomas die Situation und begibt sich in das Hauptquartier. Kurz darauf treffen Brenda und Minho vor dem Hauptquartier ein und finden den leblosen Newt.

Im Hauptquartier angekommen, trifft Thomas auf Dr. Paige, die ihm versichert, dass die Experimente endgültig zu Ende seien und lediglich er mitkommen müsse, um die Menschheit zu retten. Plötzlich fällt ein Schuss und Dr. Paige bricht zusammen. Janson, der sich als der Schütze erweist, schlägt Thomas nieder.

Als er erwacht, entnimmt Teresa ihm bereits im Beisein von Janson Blut und stellt das Heilmittel her. Es stellt sich heraus, dass Janson selbst infiziert ist und das Heilmittel für sich beansprucht, um entscheiden zu können, wer es wert sei, gerettet zu werden. Teresa schlägt Janson nieder, nachdem sie das Heilmittel fertiggestellt hat. Es entbrennt ein Kampf, in dem Thomas angeschossen wird. Auch das Hauptquartier wird inzwischen massiv von den Rebellen beschossen. Thomas und Teresa gelingt es, Janson zu überwältigen, er wird von Cranks getötet und sie fliehen auf das Dach des inzwischen brennenden Gebäudes. Thomas bricht infolge seiner Verletzung beinahe zusammen, Teresa übergibt ihm das Heilmittel und sie küssen sich leidenschaftlich. Unerwartet nähert sich Jorge mit einem Hubschrauber, kann jedoch nicht landen, weil das Gebäude inzwischen zu instabil ist. Teresa schleppt den verwundeten Thomas zum Hubschrauber. Es gelingt ihr mit Hilfe der Insassen, die Jorge zuvor aufgesammelt hat, Thomas in den Hubschrauber zu hieven. Teresa selbst schafft es nicht in den Hubschrauber und wird mit dem einstürzenden Gebäude in die Tiefe gerissen. Thomas fällt in Ohnmacht.

Die Szene wechselt zu Thomas' Erwachen auf einer Insel, wo sich die Gemeinschaft versammelt hat. Thomas findet in seinen Sachen einen Abschiedsbrief von Newt, in dem er Thomas bittet, sich um alle zu kümmern.

Der Film endet mit Thomas, der auf einer Gedenktafel aus Stein, ähnlich der im ersten Teil der Trilogie, die Namen verstorbener Weggefährten liest, darunter auch die von Chuck, Newt, Winston, Alby, Zart, Jeff, Clint und Teresa. In der letzten Einstellung blickt Thomas tief in Gedanken versunken auf das Meer hinaus, das Heilmittel in den Händen haltend.