El inicio de la pesadilla. Cuando Dark Matter encuentra las Gemas del Infinito, decide que va a reiniciar el Multiverso y crear uno en donde ella sea la que gobierne todo.
Las Dazzlings, sirenas malignas exiliadas de Equestria, tenían planeado usar el poder de las Equestria Girls en su contra, pero el poder de los cristales fue demasiado para ellas y se desintegraron por causa de la magia de los mismos; pero la onda de energía también provocó vibraciones en el tejido de la realidad y causó desgarros en el ahora recién descubierto Multiverso, y atrayendo a esa realidad a ocho poderosas heroidas de diferentes universos y realidades.
Las ahora llamadas Nexus Girls formaron una alianza con las Equestria Girls con el fin de que las primeras pudieran regresar a sus realidades; pero en el camino se toparon con las Dazzlings, ahora con poderes oscuros y llamándose a sí mismas Banshees; las Equestria Girls y las Nexus Girls unieron fuerzas para así derrotar a las sirenas en una gloriosa batalla y volver a sus hogares.
Pero las Dazzlings solo eran el comienzo... una nueva amenaza estaba llegando... y sería el fin del Multiverso como se lo conoce... De hecho... ya comenzó, y Equestria... fue la primera víctima.
Capítulo 1:
(Vacío)
En el vacío entre los Universos, una figura flota inerte y a la deriva; era una figura femenina, de un cabello rubio y enorme, portaba un uniforme desconocido, y lo más notorio de ella: sus alas de demonio. Esa figura era la princesa Dark Matter, una de las enemigas de las Mane Six; ella flotaba en el vacío mientras se lamentaba de su último fracaso.
Dark Matter: miserables ponis. Tenía la victoria justo en mis manos; pero, esa unicornio, esa maldita descornada de Tempest Shadow tenía que arruinarlo. Ella y esa maldita magia de la amistad. Juro... que no descansaré hasta que sus Cutie Marks sean mías. Y entonces, haré que toda Equestria se arrodille ante mí.
Dark Matter seguía flotando, hasta que de la nada comenzó a ver una luz roja brillando intensamente en la oscuridad, y parecía estar acercándose a ella. Cuando la luz se acerca a Dark Matter, ella nota que es una extraña Gema de cristal, y al tomarla siente un poder como nunca había sentido antes.
Dark Matter: WOW (Abrumada por el poder) Que es esto... esta energía... este poder... esto... es algo que nunca había sentido. Esto es mejor que la magia de Equestria. No tengo idea de lo que sea esto, pero me ENCANTA.
De inmediato, otras cinco luces de colores se manifiestan ante ella, esas luces también son Gemas: Naranja, Amarillo, Verde, Azul y Purpura. Todas ellas se acercaron a Dark Matter y se pegan a su brazo izquierdo, al instante su cuerpo comienza a llenarse de un poder Infinito.
Dark Matter: (MÁS abrumada por el poder) SI. ESTO ES... INCREÍBLE! Puedo hacer lo que quiera con este poder. Y ya tengo una idea.
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La princesa Dark Matter logra abrir un portal con la gema púrpura que la regresa de vuelta a Equestria, un minuto después de que fuera derrotada por Tempest Shadow en el Festival de la Amistad (que serían los eventos de la película); después de ver como la humillan de nuevo, Dark Matter hace un vuelo rampante y se lanza al ataque, para tomar la Cutie Marks de las Mane Six de una vez por todas.
(Patio del Castillo, Canterlot, Noche)
Dark Matter: hola hola princesa. Me extrañaron.
Twilight Sparkle: no. Es imposible. Acabamos de vencerte.
Dark Matter: y ahora YO voy a vencerte. Y a todas ustedes.
Dark Matter comienza a pelear, Celestia, Luna y Cadence atacan con sus rayos mágicos con todas sus fuerzas, cuando Dark Matter usa su brazo derecho para protegerse los ataques parecen no hacerle daño, de hecho está deteniendo con la mano; y eso hace que las presentes se asusten con lo que ven.
Applejack: eso es imposible.
Dark Matter: y apenas estoy calentando.
Dark Matter hace su jugada y comienza a disparar un poderoso rayo de energía roja que hace una gran explosión y aturde a varias de las ponis, a penas Rainbow Dash, Rarity, Pinkie Pie, Twilight Sparkle, Celestia y Tempest Shadow se mantienen de pie.
Rainbow Dash: de acuerdo, ya fue suficiente.
Dash ataca con una embestida directamente a Dark Matter pero ella usa la gema de color naranja para ralentizar el tiempo y hace que Rainbow Dash literalmente se congele en el tiempo y no pueda moverse.
Dark Matter: buen intento Rainbow Dash, pero sabía que harías eso. La gema azul me avisó. Y sé lo que están pensando. Cómo es que yo me volví tan poderosa, bueno; es algo que nunca sabrán.
Starlight Glimmer: (se teletransporta frente a ella) deja en paz a mis amigas.
Starlight Glimmer se da cuenta de que la fuente d su nuevo poder son esas misteriosas gemas que tienen en el brazo, ella intenta usar su telequinesis para quitarle las gemas y estaba por lograrlo hasta que la villana usa el poder de la gema amarilla y con un pequeño movimiento de manos le borra literalmente el cuerno de Starlight de su cabeza, y para estar segura también hace lo mismo con los unicornios y pegasos, borrar sus alas y cuernos; solo Twilight sigue conservando sus alas y cuerno.
Rarity: AAAAAAAAAH. No otra vez.
Twilight Sparkle: está manipulando la realidad, igual que Discord.
Spike: y porque no te quitó tu cuerno o tus alas.
Tempest Shadow: a quien le importa. Voy a terminar con esto ahora.
Tempest y Twilight hacen un esfuerzo para derribar a Dark Matter, pero cada vez que intentan atacarla ella se escapa por medio de un portal, ellas hacen su mejor esfuerzo pero es inútil, hasta que Tempest se da cuenta del patrón y se le ocurre un plan.
Tempest Shadow: princesa Twilight, no queda otra opción. Debemos usar un orbe de obsidiana.
Twilight Sparkle: ok.
Ambas ponis se ponen de espaldas y Tempest trata de adivinar de donde va a atacar Dark Matter; en eso, ella sale de un portal y es por atacar a Twilight, pero era una trampa porque Twilight le da una señal a Tempest y ella de una patada arroja un orbe de obsidiana a la villana; Dark Matter se da cuenta y dispara un poderoso rayo con las seis gemas para destruir el orbe, pro Twilight usa toda su magia y dispara su propio rayo al orbe para darle impulso y con la combinación de ataques logran hacer que atraviese el rayo de Dark Matter y que impacte directamente contra ella y haciéndola caer al suelo. Todo lo que hizo con las gemas se borra al instante. Twilight y Tempest se acercan con mucha cautela hacia donde cayó la villana, que lentamente se convierte en piedra.
Twilight Sparkle: nunca debiste meterte con mis amigas.
Dark Matter: (moribunda) debiste... debiste...
Tempest Shadow: son tus últimas palabras? (acerca su oreja a la cara de Dark Matter)
Dark Matter: debiste... apuntar a la cabeza.
Tempest Shadow: NO!
Matter levanta el brazo con las gemas y hace un Chasquido; ese Chasquido provoca una ola de energía tan poderosa que se siente por toda Equestria, emanando una energía que nunca antes se había sentido. Parecía que el Chasquido solo la había liberado de su prisión de roca, pero de hecho hizo algo más aterrador.
